Marvin

Проект Марвін пропонує колекцію Java інструментів для малювання, відображення та характеризують хімічні структури, підструктури і реакції.
Марвін може бути легко встановлений на робочому столі і інтегрується в веб-сторінок і сторонніх додатків через інтерфейс прикладного програмування (API).
Сім'я Марвін складається з таких інструментів:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Аплети або Боби?
Марвін поставляється в двох варіантах залежно від застосування:
* Марвін аплетів для веб-розробника
* Марвін Квасоля для робочого столу аптечної і для розробників програмного забезпечення.
Марвін аплетів інструменти для будівельної хімії веб-сторінок, які сумісні з більшістю браузерів (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera і т.д.) Вони пропонують доступ з / в JavaScript і настроюється параметрів аплету.
Марвін Квасоля легко встановлюваних додатків для робочого столу і інструменти для інтеграції можливостей Марвін в будь-який додаток Java

Що нового У цьому випуску :.

• MarvinSketch:
• Громадський пошуку в базі даних chemicalize.org.
• Можливість змінити порядок лиганда в MarvinSketch.
• Туман-ефект може управлятися різними способами:
• Існує повзунок на вкладці Display діалогового вікна Preferences в ескізі / View GUI, щоб встановити силу протитуманним ефектом і прапорець, щоб відключити автоматичне протитуманні фари ефект.
• аплетів і боби параметри вводяться: fogFactor, automaticFogEnabled. (Тема на форумі).
• Підключення до точки кріплення група не автоматично разгруппировать Sgroup більше.
• Визначення вмісту S-групи :. Кілька і загальні S-групи повинні містити всю подграф між зв'язками, які перетинають дужки
• Оновлення змісту S-групою, якщо кронштейн позиції змінюються: або кронштейни або структура переміщається
.
• S-група вкладення та перекриття перевіряються на молекули перевірки цілісності.
• СМАРТС імпорт підтримує аліфатичних атомів вуглецю з подвійним зв'язком (тему в форумі).
• SMILES підтримує імпорт / експорт аллени.
• Створити традиційна назва для фрагментів всередині більшої з'єднання (наприклад, & Quot; декстрометорфан гідробромід і Quot;).
• Підтримка CAS-номер перетворення.
• Покращена OCR корекції помилок в DocumentExtractor (зниклих безвісти запитом, misrecognized типу дужки, зайві пробіли, ...).
• Документ Extractor на PDF-документів тепер дає номер сторінки хіти.
• Покращена підтримка поширених імен в структурі до імені й ім'я-структури. Загальна підтримка імпорту ім'я збільшилася приблизно на 5% для звичайних і 10% для систематичних назв. Швидкість перетворення збільшується приблизно на 20%.
• JChem і Марвін Квасоля інсталятори для Windows, також витягти Скрипт для Cygwin.
• Зберегти exocycyclic групи в рамках Беміс-Murcko.
• Галогенні може мати більше одного з'єднання при перерахуванні.
• Ароматичні облігації враховуються при розрахунку кількості подвійних зв'язків для перевірки гомології власності.
• Lasso режим вибору може бути встановлено за умовчанням в MSketchPane (тема на форумі).
• Нова функція, isChiral був доданий в TopologyAnalyzer.
• Новий Chmical Умови функції: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Виправлені помилки:
• В поле ім'я не був оновлений після створення групи, тому що створення групи не збільшити графік інваріантної число змін (Тема на форумі).
• MarvinSketch додаток не розумію, і Quot; - {ім'я} & Quot; параметр командного рядка.
• При Структура і GT; Знайти структурувати меню інтерактивної був викликаний під Linux, браузер за замовчуванням не може бути виявлений, щоб відобразити результат (Тема на форумі).
• завантаження isotopes.data файлу з кешу Java не вдалося, якщо його нестислий версія зберігається в кеші (тобто якщо розпакування було зроблено автоматично за допомогою мережевого сервера, а не Марвіном). Тема на форумі, документація.
• Графічні об'єкти не відображаються у вікні результатів Геометрія плагін.
• на стрілочку електронно-потоку, синя коробка для виділення була упущена (Тема на форумі).
• замовлення лиганд не відображається на ешафоті, якщо визначення були видалені, навіть якщо і Quot; Завжди і Quot; опція відображення був встановлений на & Quot; Ліганд Замовлення & Quot; в діалоговому вікні налаштувань.
• Індекс многоцентрового атома розбестили після експорту у форматі MDL Мовляв, якщо він був підключений до R-групі.
• Arrow застряг прямокутники був пошкоджений під час MRV імпорту / експорту (Тема на форумі).
• Імпорт 1-літерного пептиду вдалося в одному гістидин (тема на форумі).
• Неявні водню пропали безвісти за рахунок імпорту з ОСК.
• Null значення властивості MolAtom не експортувати / імпортовані в форматі MRV.
• За імпортувати певні СМАРТС, неправильний тип облігацій була визначена замість одного або ароматичної зв'язку.
• Деякі скоби, імпортовані з CDX файлів звертається в ChemDraw були показані в неправильному напрямку.
• СМАРТС експорт: 1. Атом одинарним зв'язком сусід ароматическом кільці було експортовано у вигляді одинарної зв'язком замість одного / ароматичні
• Експорт запитів з вузла зв'язку і R-груп в СМАРТС форматі були неправильними.
• Обробка атом Н був неоднозначним СМАРТС виразів.
• Мовляв коментар до файлу імпорту поле не вдалося.
• Імпорт деяких посміхається був неправий (тема на форумі).
• Якщо шаблон містить ланцюг частина, яка може бути розташована в мішені у складі кільця (або кільцевої системи) слід ігнорувати, що частина шаблону.
• Fine з Hydrogenize варіант Clean3D НЕ разгруппировать S-груп автоматично (тема на форумі).
• Molecule.contractSgroups () переплутала координати молекули (форум по темі).
• Явні водню не були належним чином враховані в цис / транс розрахунку стереохімії.
• генератор таутомерію кинув ArrayIndexOutOfBoundsException в деяких випадках.
• гомология перерахування проводиться суперечливі молекули деяких вхідних VMN.
• Неправильне обов'язок розраховувати після застосування CovalentCounterion фіксаж.
• Формат журналу вихід в командному рядку StructureChecker відрізняється від формату виведення майстра.
• ChiralFlagErrorChecker неправильно обробляти хиральности. Замість розрахунку хиральности з даних парності, він використовував реалізацію на основі методу isChiral з TopologyAnalyser.

Що нового у версії 5.4.0.1:

• Highlighting стрілок потік електронів був неправий, коли база або кінцевою точкою дослідження було зв'язок (тема на форумі).
• Серійний меню конфігурації не працює.
• Індекс многоцентрового атома неправильно, створений при експорті MDL MOLFile у разі структур, де R-група, підключених до многоцентрового атома (зміна позиції облігацій).
• Неявні водню пропали безвісти з атомів після імпорту або пасти структур в ISIS / Symyx Ескіз формату файлу (формат файлу SKC).
• CDX файли, включаючи повернутих графічних об'єктів, що експортуються з старих версій ChemDraw не може бути імпортований.
• Розрахунок таутомерію
• Загальний таутомер не було достатньо унікальним в деяких випадках. В зв'язку з виправленням, загальний таутомер забезпечується ароматичною форму.
• Canoncical розрахунок таутомерію була покращена за рахунок виправлення в деароматізаціі.
• Деякі структури з явними водню, пов'язаних з клиноподібної зв'язку дав виняток у ході спільного таутомеризації.
• Обчислення томи не вистачало cxcalc.
• Структура Checker кинув NullPointerException замість ігнорування неправильний файл конфігурації.

Що нового у версії 5.1.03.2:

• IUPAC Назва імпорту: перетворення імен ІЮПАК структурам.
• OLE 2 Підтримка :. Покращена підтримка вставки MarvinSketch об'єкти в документах MS Office
• Хімічні терміни :. Є на Марвіна в командному рядку, API і може бути використаний в скриптах Java (в аплетів)
• Прискорення ініціалізації MarvinSketch і MarvinView при запуску, і як автономна версія, і як це реалізовано компонента в інших додатках.

Вимоги

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment