Тест системи Біоінформатика є спроба побудувати розумну основу тестування, тести і дані, щоб кінцеві користувачі і постачальники, щоб дослідити продуктивність своїх систем.
Те, що ми намагаємося зробити, це створити основу для тестування, і основний набір тестів, що все може завантажити і використовувати, щоб дослідити конкретні елементи продуктивності систем.
Крім того, джерело цих тестів доступні в GPL, і розміщуються на Bioinformatics.org і масштабованої інформатики LLC ідея полягає в наданні кінцевим користувачам, споживачам, розробників систем та інших легко створювати і використовувати тести для значущих вимірювань і настройки причин ,
Джо земляк з Scalable інформатики LLC задумав і написав оригінальні коди. Ми шукаємо додаткові тестів пропозицій коду, тести, бази даних, і т.д.
Поточні випробування базових кілька NCBI BLAST працює кілька трас HMMER, і різноманітність інших. Ми плануємо включити ClustalW, тандем X !, Різний хімію, динаміку і пов'язаних з ними тестів, а також ряд інших.
Тести, такі як LINPACK або HPL просто не дають значущих показників продуктивності або прогнозирующие моделі для високих інформатики продуктивності. На жаль, ні зробити ряд більш пізніх і цілеспрямованих випробувань.
Це проблема, як LINPACK і HPL спеціально тестування продуктивності на різних матричних операцій, де у вас є ефективно закономірності доступу до пам'яті, і конкретних математичних операцій.
Ці коди є найбільш корисними для порівняння кодів з важких операцій з плаваючою крапкою, і з чергуванням трафіку пам'яті. Ці коди не були призначені для комплексного порівняльного аналізу систем, де диск I / O, латентність пам'яті, і інші фактори сприяють до проблем продуктивності.
Кращі тести є ті, які найбільш близькі до кодів буде запускатися на комп'ютері. Самі випробування повинні бути розумні наближення до реальної виконання коду, використовуючи реальні дані. Ви, можливо, буде потрібно, щоб чистити його назад, щоб отримати реалістичні часу роботи.
Ви повинні мати розумну підмножина розмірів даних. Один тест не скаже вам, як ваша система масштабується, і одна з причин, по існування цього тесту спеціально, щоб дозволити вам перевірити продуктивність, ви збільшуєте різні аспекти робочого навантаження.
Ви рідко отримуєте спокою системи в кластері, тому ми рекомендуємо вам спробувати працювати в якості реалістичною робочому середовищі, як це можливо. Базовий в спочиває системою в порядку, але це може встановити свої очікування необгрунтовано.
Top
Коментар не знайдено