edittag

edittag є колекція додатків для проектування наборів редагування тегів метричних послідовності, перевіряючи теги послідовність для конформації редагування метрики та інтеграції теги послідовності, щоб для конкретних платформ секвенування адаптери та ПЛР-праймерів. edittag відрізняється від інших підходів:
І NBSP; * edittag генерує довільні довжини тегів послідовності Edit-метрики в розумних часових використанням многопроцессорной
І NBSP; * edittag виробляє редагувати метрики послідовність набору тегів відповідати відстані редагування обраної
І NBSP; * edittag використовується primer3 інтегрувати теги послідовності ПЛР праймерів
Ми надаємо кілька великих наборів редагування метрики тегів послідовності розроблені з використанням edittag в наступних форматах:
І NBSP; * текст - цей файл знаходиться у відповідному форматі для check_levenshtien_distance.py
І NBSP; * CSV
І NBSP; * SQLite бази даних
Цитування
Faircloth до н.е., Гленн TC. Великі набори ідентифікації редагування метриці послідовності
теги для полегшення великомасштабного мультиплексування читає масово
паралельно послідовності. doi_
установки:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
Wget package.tar.gz
смоли -xzf package.tar.gz
Python setup.py встановити
сховище
Git клон Git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
Додатковий пакет (ру-Левенштейн)
Wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
TAR -xzvf пітон-Левенштейна-0.10.1.tar.bz2
Python setup.py встановити
Додатковий пакет (primer3)
Якщо ви хочете, щоб дизайн праймерів включення редагування метрики теги послідовності, необхідно спочатку встановити модифіковану версію primer3:
Git клон Git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD Mod-primer3 / SRC
зробити
зробити установку
Переконайтеся, що ви переміщаєте бінарні файли з Mod-primer3 до місця у вашому шляху (переміщення по крайней мере, primer3-довго і primer3_config в тому ж каталозі, у вашому шляху). Ви можете запустити

Вимоги

• Python
• NumPy
• Левенштейн
• MOD-primer3