Jmol

Скріншот програми:
Jmol
Дані програми:
Версія: 14.29.14 оновлений
Дата завантаження: 22 Jun 18
Ліцензія: Безкоштовно
Популярність: 93

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Jmol - відкрите джерело, крос-платформне та вільне графічне програмне забезпечення, яке спочатку було розроблено як молекулярний переглядач для 3D-хімічних структур. Він працює в чотирьох автономних режимах, як веб-програма HTML5, програма Java, аплет Java і компонент на стороні сервера.


Feaurs з першого погляду

Основні функції включають високопродуктивну підтримку 3D-рендерингу, не вимагаючи будь-яких високотехнологічних апаратних засобів, експортує файли у формат JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ та POV-Ray, підтримує основні блочні комірки, підтримує RasMol і Chime мови сценаріїв, а також бібліотека JavaScript.

Крім того, програмне забезпечення підтримує анімацію, поверхню, вібрацію, орбіталі, вимірювання, операції симетрії та операції з елементами, а також схематичні форми.


Підтримувані формати файлів

В даний час програма підтримує широкий діапазон форматів файлів, серед яких ми можемо згадати MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Гаус, MM1GP, HIN HIN / ВІЛ, MOLPRO та MOPAC.


Також підтримуються CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR та JME. .

Підтримує всі основні веб-переглядачі

Програмне забезпечення успішно протестовано всіма основними веб-переглядачами, зокрема Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera і Safari. Вищезгадані додатки для браузера були протестовані на всіх основних операційних системах (див. Наступний розділ для підтримуваних ОС).


Підтримує всі основні операційні системи

Будучи написаним на мові програмування Java, Jmol - незалежна від платформи програма, призначена для підтримки всіх дистрибутивів GNU / Linux, операційних систем Microsoft Windows і Mac OS X, а також інших ОС, де встановлено Java Runtime Environment.

Що нового у цьому випуску:

  • виправлення помилки: Jmol SMILES, що не дозволяє шукати код вставки - додає & quot; ^ & quot; для коду вставки: [G # 129 ^ A. *]

    • Виправлення помилки: Jmol SMILES, що не дозволяє шукати код вставки -

      Що нового - додає & quot; ^ & quot; для коду вставки: [G # 129 ^ A. *]

    Що нового в версії 14.20.3:

    • Виправлення помилки: Jmol SMILES, код пошуку - додає & quot; ^ & quot; для коду вставки: [G # 129 ^ A. *]

    Що нового в версії 14.6.5:

    • виправлення помилки: Jmol SMILES, що не дозволяє шукати код вставки - додає & quot; ^ & quot; для коду вставки: [G # 129 ^ A. *]

    Що нового в версії 14.6.1:

    • Виправлення помилки: Jmol SMILES, код пошуку - додає & quot; ^ & quot; для коду вставки: [G # 129 ^ A. *]

    Що нового в версії 14.4.4 Build 2016.04.22:

    • виправлено помилку: не налаштовується для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.4.4 Build 2016.04.14:

    • виправлено помилку: не налаштовується для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.4.4 Build 2016.03.31:

    • виправити помилку: не налаштовується для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.4.3 Build 2016.03.02:

    • виправлення помилок: анотації атомів встановлюються без наведених гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.4.3 Build 2016.02.28:

    • виправлення помилок: не налаштовується для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.4.2 Build 2016.02.05:

    • виправлено помилку: не налаштовується для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.4.0 Build 2015.12.02:

    • виправлено помилку: не налаштовується для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.2.15:

    • виправлення помилок: анотації атомів встановлюються не налаштовувані для додавання гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в версії 14.2.13:

    • виправлено помилку: гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового у версії 14.2.12:

    • виправлено помилку: гідрогенів
    • виправлено помилку: 14.3.3_2014.08.02 розбив читач mmCIF
    • виправлення помилки: читання BinaryDocument (спартанського файлу) зламане в 14.1.12_2014.03.18

    Що нового в бета-версії 14.1.8:

    • нова функція - встановити cartoonRibose:
    • малює кільця рибози, з гранями, що показують збивання
    • сполучається через C4'-C5'-O5'-P явно
    • показує C3'-O3 "для довідки.
    • вимикає мультиплікаційний фільтрBaseEdges (Edges Leontis-Westhof)
    • відключений через SET cartoonBaseEdges ON
    • запропонований Ріком Спінні, штат Огайо
    • нова функція: рамка анімації [a, b, c, d] працює з негативними числами, щоб вказати діапазони:
    • рамка анімації [1, -5, 10, -6] -> [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
    • читайте як "від 1 до 5, а потім від 10 до 6"
    • нова функція: читач файлів Tinker (та оновлення FoldingXYZ читача):
    • Можна використовувати Tinker ::, але це потрібно лише у випадку, якщо перша рядок є JUST атомом Count
    • вміщує старий формат Tinker з n-1 атомами для atomCount
    • дозволяє використовувати траєкторії та номер моделі
    • нова функція: (фактично 13,1, але недокументована) кадр анімації [51 50 49 48 47 46 45 (і т.д.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (і т.д.) ....]
    • нова функція: x = порівняти ({atomomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;))
    • нова функція: x = порівняти ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; всі & quot;))
    • нова функція: x = порівняти ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP », & quot; найкраще & quot;)
    • нова функція: x = порівняти ({atomomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H »)
    • нова функція: x = порівняти ({atomomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
    • нова функція - x = порівняти ({atomomset1}, {atomset2}, & quot; MAP », & quot; кращийH»):
    • генерує один або більше списків кореляцій на основі неароматичних SMILES
    • додатково включає атоми Н
    • додатково генерує всі можливі відображення атома
    • повертає int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
    • де an та bn - це цілі чи індекси атомів, або список, коли "всі" вибір вибраний.
    • наступна буде генерувати одну атомарну карту кореляції для двох структур, включаючи атоми водню: файли завантаження "a.mol" & quot; b.mol & quot; x = порівняти ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; & quot; H) & quot;)
    • Нижче наведено порівняння моделі кофеїну з NCI та системою PubChem:
    • завантажити $ кофеїн; завантажити додати: кофеїн; кадр *
    • виберіть 2.1; label% [atomIndex]
    • порівняти {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
    • x = порівняти ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot ;, найкраще H »)
    • для (a в x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; виберіть atomindex = a1; label @ a2}
    • нова функція: порівняти {model1} {model2} SMILES:
    • не потрібно давати SMILES; Jmol може генерувати його з {model1}
    • нова функція: x = {*}. знайти (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
    • генерує SMILES з явними атомами H
    • виправлення помилки: функція substructure () за допомогою SMILES замість SMARTS, тобто лише повні структури;
    • Виправлено помилку: краще захоплення помилок та повідомлення в методах SMILES
    • Виправлено помилку: зробіть webexport відкритим шлях до Jmol.jar та jsmol.zip більш надійним.
    • виправлена ​​помилка: extractProperty extractModel не шанує підмножина
    • виправлення помилки: встановити pdbGetHeader TRUE не фіксує REMARK3 REMARK290 REMARK350
    • виправлення помилки: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....) слід загорнути значення у {value: ...}
    • виправлення помилок: стійка прозорість MO переривається в 11.x
    • виправити помилку: показати MENU написати MENU завантажити MENU всі зламані в 12.2
    • виправити помилку: {*} [n] має бути порожнім, якщо nAtoms

    Що нового у версії 14.0.7:

    • Виправлена ​​помилка: 14.0.6 фатально жучки - unitcell і echo рендеринг, getProperty

    Що нового в версії 14.0.5:

    • Виправлення помилки: проривність LCAOCartoon зламана
    • Виправлено помилку: напівпрозорий магістр зламаний
    • Виправлена ​​помилка: розбиті читачі pqr, p2n
    • Виправлення помилки: властивість xos із картою майна може вийти з ладу, якщо поверхня є фрагментом, який (як-небудь) має точку, яка не пов'язана з базовим атомом.

    Що нового в версії 14.1.5 бета-версії:

    • виправлено помилку: розірваність пропускання LCAOCartoon
    • Виправлена ​​помилка: прозорий хребет зламаний
    • Виправлена ​​помилка: розбиті читачі pqr, p2n
    • виправлення помилок: властивість xos із картою майна може не скластись, якщо поверхня є фрагментом, який (як-небудь) має точку, яка не пов'язана з атомом, що лежить нижче.

    Що нового в версії 14.0.4:

    • Виправлена ​​помилка: розбиті ракети
    • Виправлення помилки: PDB byChain, за допомогою Symop не підтримується.

    Що нового в версії 14.0.2:

    • виправлення помилки: модуляція не відрізняє q та t;
    • виправлення помилок: модульні вимірювання не працюють
    • виправити помилку: не пропускати встановити defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
    • виправлення помилок: не існує карта азоту з ізоповерхнею
    • виправити помилку: вібраційний відображення модуляції з відстанями не оновлюється
    • виправлення помилки: вибух призводить до непотрібного попередження в консолі
    • виправлення помилок: розбити символ зламаний
    • Виправлення помилки: array.mul (matrix3f) збій Jmol
    • виправити помилку: виберіть symop = 1555 порушено
    • виправлено помилку: встановити виділення dragSelected не працює
    • код: рефаунований CifReader, що відокремлює коди MMCifReader та MSCifReader: незначні перейменування / рефакторинг методів у SV
    • код: додає javajs.api.JSONEncodable інтерфейс
    • надпроста реалізація в org.jmol.script.SV
    • дозволяє реалізаціям javajs для доставки користувацьких результатів JSON

    Що нового в бета-версії 14.1.2:

    • нова функція: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (аплет, вираз):
    • краще, ніж Jmol.evaluate, тому що результат - це змінна JavaScript, а не рядок.
    • ЗНИЖЕННЯ JSmol api Jmol.evaluate (аплет, вираз)
    • нова функція: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
    • повертає код JSON для ресурсу
    • дозволяє JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot ;, & quot; деяке вираження & quot;)
    • нова функція: getProperty variableInfo:
    • дозволяє отримувати змінні в форматі Java або JSON
    • оцінює вираз
    • за промовчанням для & quot; все & quot;
    • нова функція: модуляція регулюється q та t, до d = 3:
    • включення / виключення модуляції (всі атоми)
    • модулювання {атом встановлення} вмикання / вимикання
    • модуляція int q-offset
    • modulation x.x t-offset
    • модуляція {t1 t2 t3}
    • модуляція {q1 q2 q3} ІСТИНА
    • нова функція: pickedList:
    • замовлений масив нещодавно відібраних атомів
    • можна використовувати те ж саме, що і змінну PICKED, але це призначено послідовно, а не тимчасово
    • двічі натискання структури очищає список
    • @ {pickedList} [0] останній вибраний атом
    • @ {pickedList} [- 1] найближчий до останнього виділений атом
    • @ {pickedList} [- 1] [0] останні два вибрані атоми
    • нова функція: array.pop (), array.push () - аналогічно JavaScript
    • нова функція: шкала модуляції x.x
    • нова функція: заголовок & quot; xxxxx & quot; x.x - кількість секунд для запуску
    • нова функція: модуляція 0.2 // встановлює t-значення
    • нова функція: array.pop (), array.push (x)
    • a = []; a.push (& quot; тестування & quot;); роздрукувати a.pop ()
    • нова функція: виберіть ON / OFF атомний набір:
    • вимикає або вимикає відлік гало, а також робить вибір
    • лише зручність
    • нова функція: pt1.mul3 (pt2):
    • повертає {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
    • якщо обидва не є точками, повертається до простого множення
    • new reature: array.mul3 (pt2) - застосовує mul3 до всіх елементів масиву
    • нова функція: {atomset} .modulation (тип, t):
    • забезпечує P3 (модуляція переміщення)
    • реалізовано лише для типу = & quot; D & quot; (необов'язково)
    • за бажанням t за замовчуванням
    • виправлено помилку: модуляція не відрізняє q та t;
    • виправлення помилок: модульні вимірювання не працюють
    • виправити помилку: не пропускати встановити defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
    • виправлення помилок: несправний карта атомної орбіти не працює
    • виправити помилку: вібраційний відображення модуляції з відстанями не оновлюється
    • виправлення помилки: вибух призводить до непотрібного попередження в консолі
    • виправлення помилок: розбити символ зламаний
    • Виправлення помилки: array.mul (matrix3f) збій Jmol
    • Виправлена ​​помилка: виберіть symop = 1555 зламаних Виправлена ​​помилка: набір вибір dragSelected не працює

    • <Літій> код: перероблений CifReader, відокремлюючи MMCifReader і MSCifReader
    • код: незначне перейменування / рефакторінг методів у SV
    • код: додає javajs.api.JSONEncodable інтерфейс:
    • надпроста реалізація в org.jmol.script.SV
    • дозволяє реалізаціям javajs для доставки користувацьких результатів JSON

    Що нового у версії 14.0.1:

    • нова функція: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (за замовчуванням 55)
    • нова функція: функція завантаження (), як у завантаженні друку (& quot; xxx & quot;), обмежене читання локального файлу в аплеті:
    • відсутні файли кореневих каталогів
    • без файлів без розширення
    • нема файлів з будь-яким & quot; /." на шляху
    • нова функція: файли JAR надійно підписані
    • нова функція: файли JAR-аплета включають JNLP (Java Network Launch Protocols) для завантаження локального файлу
    • нова функція: параметри URL-адреси JSmol _USE = _JAR = _J2S = перевизначення для інформаційних даних
    • нова функція: (була присутня, але недокументована) print quaternion ([масив quaternions]) - повертає сферичне значення a la Buss і Fillmore
    • нова функція: print quaternion ([масив quaternions], true):
    • повертає стандартне відхилення для сферичної середньої a la Buss і Fillmore
    • одиниці - кутовий ступінь
    • нова функція - названі значення модуля кватерніону:
    • друкувати кватерніон (1,0,0,0)% "матрицю"
    • параметри включають w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisz осьова матриця
    • нова функція - встановіть celShadingPower:
    • встановлює силу сигнал затінення
    • цілі значення
    • за замовчуванням 10 - товста лінія
    • 5 - це тонка лінія
    • 0 перетворює cel shading off
    • негативне значення видаляє внутрішній затінення - лише контур
    • діє на пікселях на основі нормального джерела світла (потужність> 0) або користувача (потужність <0)
    • встановлює колір на фоновий контраст (чорний або білий), коли normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
    • нова функція: звіти про читання mmCIF _citation.title в скриптовій консолі Jmol
    • нова функція: мінімізувати SELECT {atomset} ТІЛЬКИ - ТІЛЬКИ параметр виключає всі інші атоми
    • нова функція: мінімізувати {atomic} - неявно SELECT і ТІЛЬКИ
    • нова функція - & quot; розширення & quot; Довідники в JSmol для написаних скриптів JS та SPT:
    • jsmol / js / ext
    • jsmol / spt / ext
    • нова функція: завантаження ... фільтр & quot; ADDHYDROGENS & quot; - локальний набір pdbAddHydrogens для однієї команди завантаження
    • нова функція: порівняти {1.1} {2.1} BONDS SMILES
    • нова функція: list = compare ({atomomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
    • нова функція: напишіть JSON xxx.json
    • нова функція: [# 210] читач JSON {& quot; моль & quot;: ...} читач
    • нова функція - встановити particleRadius:
    • глобальний радіус для атомів, що перевищує значення максимального радіуса (16,0)
    • за замовчуванням до 20,0
    • нова функція - фільтри CIF та PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; та & quot; BYSYMOP & quot; для випаровування:
    • створює лише один атом на ланцюжок або на символ
    • Розмір масштабу може бути більшим, ніж максимум 16 ангстрем, наприклад:
    • встановити particleRadius 30;
    • заповнення простору 30; // будь-яке число більше 16 років використовує particleRadius замість
    • нова функція: list = compare ((atomomset1) (atomset2) SmartsString & quot; BONDS & quot;)
    • нова функція: функція symop () дозволяє симетрії з фільтра біомолекули для PDB і mmCIF
    • нова функція - isosurface SYMMETRY:
    • застосовує оператори симетрії до ізорух
    • більш ефективне візуалізація та створення
    • вибір за замовчуванням є лише {symop = 1}
    • За замовчуванням забарвлення полягає в тому, щоб колір за символом Symbol на основі властивості ColourScheme
    • приклад:
    • завантажуйте 1stp-фільтр "biomolecule 1"
    • властивості кольору symop
    • isosurface sa резолюція 0.8 симетрія sasurface 0
    • нова функція - новий властивість атома: chainNo:
    • послідовно з 1 для кожної моделі;
    • chainNo == 0 означає "ланцюг без ланцюга" або chain = ''
    • нова функція - нова властивість ColourScheme & quot; дружелюбно & quot;:
    • колірна схема кольорової сліпоти
    • використовується в RCSD
    • нова функція: JSpecView повністю без Java; включає 2D nmr та PDF друк спектрів
    • нова функція - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; якість & gt; 1 запит ландшафтного режиму:
    • використовує ефективні класи створення PDF-файлів
    • розмір зображення, якщо він є занадто великим
    • нова функція: JSpecView додає PDF та 2D ЯМР для JavaScript
    • нова функція: завантаження & quot; == xxx & quot; ФІЛЬТР & quot; NOIDEAL & quot; - завантаження хімічних компонентів з ПДБ, використовуючи "неідеальні" набір координат
    • виправити помилку: записати CD вилучено; ChemDoodle змінив формат; використовуйте JSON замість
    • виправлення помилок: у файлах PDB та CIF вказані збірки, такі як PAU, як велике негативне число
    • Виправлено помилку: COMPARE, якщо без обертання починається нескінченний цикл
    • виправлення помилки: проблема з циклом затримки (-1)
    • Виправлено помилку: переміщення миші для Chrome в JavaScript
    • виправлено помилку: виправлення спливаючого меню JavaScript для зміни мови
    • Виправлено помилку: компоненти ядра JavaScript не обробляються; Jmol._debugCode не розпізнано
    • виправлення помилки: некоректно компенсовано одиничне поле для біомолекул; Походження неправильне для осей.
    • виправлення помилки: isosurface / mo FRONTONLY broken
    • Виправлено помилку: локалізація мови порушена в JavaScript
    • Виправлено помилку: читач ADF не читає вивід MO з DIRAC Build 201304052106
    • виправлення помилки: Safari повідомляє про жовту інформацію Jmol, а не просить приймати аплет
    • - тег повинен бути
    • Виправлено помилку: CIF-читач не обробляє _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id правильно
    • - неправильний атом встановлений для завантаження = 3fsx.cif фільтр & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
    • виправлено помилку: [# 558 Випуск сумісності з ChemDoodle] Помилка JSmol у визначенні номера .toString ()
    • виправлено помилку: колесо миші не працює належним чином
    • виправлення помилки: помилка компілятора JavaScript J2S не примушує int + = float до цілого
    • виправлено помилку: варіант JavaScript WEBGL зламаний
    • виправлено помилку: JavaScript NMRCalculation не має доступу до ресурсів
    • виправлено помилку: стереозвук JavaScript не реалізовано
    • виправлення помилок: виправлення для читання MOL для файлу з декількома моделями (всього 13.3.9_dev)
    • виправити помилку: помилка читача MOL при завантаженні APPEND - не продовжує кількість атомів
    • виправлення помилок: читач модуляції CIF не читає лінійні комбінації векторів клітинних хвиль
    • виправити помилку: CIF-читання з фільтром & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; не виконує лише операцію ідентифікації
    • виправлено помилку: читач mmCIF не читає всі параметри _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
    • виправлення помилок: запис PDB CRYST 1,0 1,0 1,0 90 90 90 повинен означати "не елементну клітинку" незалежно від біомолекулярного фільтра
    • виправити помилку: ізорубкова плита добре не адаптується для плоских молекул, таких як HEM
    • виправити помилку: друк userfunc () може вийти з ладу (userfunc () сам по собі добре)
    • виправлено помилку: в межах (спіраль) не застосовується для полімерів із C-альфами
    • виправлено помилку: _modelTitle не оновлюється, коли новий файл завантажується або закривається
    • виправлено помилку: {*}. symop.all не доставляє оператора симетрії відповідним чином
    • Виправлено помилку: для потрійного зв'язку в SMILES в URL-адресах
    • виправлено помилку: build.xml відсутні класи створення PDF
    • Виправлено помилку: слідує оновленню Java, додаючи правильний перевірку шляху для локального підписаного аплету
    • виправлено помилку: {xxx} .property_xx не збережено в стані (зламані 8/7/2013 rev 18518)
    • Виправлення помилки: продемонструє оновлення для підписних та непідписаних JAR-файлів додатка
    • виправлено помилку: не вдається записати
    • виправлена ​​помилка: скрипт скрипта Wait () зламаний
    • виправлення помилки: сеанс PyMOL може відображати елементну комірку після прочитання зі збереженого стану
    • виправлено помилку: читач MMCIF не працює для декількох типів зборів
    • виправлення помилки: біометр CIF-читача "1" переклад "молекулярної" а не "збирання"
    • Виправлено помилку: траєкторія завантаження з кількома файлами не працює
    • виправлення помилки: спливаюче меню аплету JS не закривається належним чином після зміни мови
    • виправлено помилку: атрибут ідентифікатора HTML-коду не присвоєно
    • код: рефакторинг коду аплету / апплета; org.jmol.util.GenericApplet
    • код: рефакторинг, спрощення буферних читачів та буферизовані вхідні потоки.
    • код: рефакторинг JavaScript, краще будувати _... xml
    • код: інтегрований JavaScript, довгий, короткий, байт, поплавковий, подвійний перероблений
    • код: розбіжність GT ._
    • code: рефакціонує всі зайві внутрішні класи до верхнього рівня
    • код: isolated util / ModulationSet, використовуючи api / JmolModulationSet
    • code - Вся локалізація мови аплету читається з простих файлів .po:
    • як вже для JavaScript
    • не потрібно збирати файли класів для мов аплетів
    • немає мовних файлів .jar
    • У новому каталозі jsmol / idioma зберігаються файли .po для Java і HTML5
    • Код: швидше, що представляє собою візерунок, додаючи неявні "frontonly" & quot; з вибраним ТІЛЬКИ {xxx}
    • код: швидше візуалізація ізосвіту з імпліцитною & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; у відповідних (цілих) випадках
    • code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - об'єднує всі посилання на URL.getContent () і Class.getResource ()
    • код: JavaScript працюватиме для проблеми внутрішнього класу з перепризначенням змінної імені
    • код: обхід для eval (functionName), який не працює в JavaScript.
    • код: експериментувати з оклюзією навколишнього середовища
    • код: необхідні маніфести, додані для Java Ju51 (січень 2014 р.).
    • код: JmolOutputChannel перейшов до javajs.util.OutputChannel
    • код: jsmol.php виправлено, щоб дозволити & quot; в методі SaveFile
    • код: рефакторинг Parser в javajs.util
    • код: DSSP перейшов до org.jmol.dssx, зменшивши біологічне навантаження JSmol на 20K
    • код: пакет iText відправлений, більше не потрібен, тому що я написав свого власника PDF-файлу

    Вимоги :

    • Виконання середовища Oracle Java Standard Edition

Схожі програми

avalanchetoolbox
avalanchetoolbox

14 Apr 15

PySCeS
PySCeS

14 Apr 15

MetagenomeDB
MetagenomeDB

12 May 15

picme
picme

11 May 15

Jmol

Коментар не знайдено
додати коментар
Включіть картинки!
Пошук за категоріями