BioJava

Це забезпечує аналітичні та статистичні процедури, аналізатори для поширених форматів файлів і дозволяє маніпуляції послідовності і 3D структур.

BioJava є інструментом для вивчення можливості Java в світі біоінформатики

Що нового У цьому випуску :.

• Відповідно протоколювання помилок. SLF4J використовується для реєстрації та надає адаптери для всіх основних реалізацій реєстрації.
• Покращена обробка винятків.
• Вилучені застарілі методи.
• Розширений підручник BioJava.
• Оновлені залежності, де це доречно.
• Доступно на Maven Central.

Що нового у версії 4.0.0:

• Consistent реєстрації помилок. SLF4J використовується для реєстрації та надає адаптери для всіх основних реалізацій реєстрації.
• Покращена обробка винятків.
• Вилучені застарілі методи.
• Розширений підручник BioJava.
• Оновлені залежності, де це доречно.
• Доступно на Maven Central.

Що нового у версії 3.1.0:

• Нові можливості:
• CE-CP версії 1.4, з додатковими параметрами
• Оновлення Сфера 2,04
• Покращення в FASTQ розбір
• виправити помилки в PDB розбір
• Невеликі виправлення в структурі угруповань

Що нового у версії 3.0.8:

• Нова
• GenBank, письменник
• Парсер для каріотип файлу з УСК
• Парсер для місць ген від УСК
• Парсер для назви генів файл з genenames.org
• модуль для регресії Кокса код для аналізу виживаності
• Розрахунок доступною площі поверхні (ASA)
• модуль для розбору файлів .OBO (онтології)
• Поліпшення:
• Подання SCOP і Берклі SCOP класифікацій

Що нового у версії 3.0.7:

• Додана основний аналізатор GenBank
.
• Виправлена ​​проблема при перекладі кодонів з N.
• Тепер можна зробити висновок облігацій на білкових структур.
• Додана підтримка для розбору mmcif записи для організму і системи експресії.
• Багато маленьких виправлень і поліпшень.

Що нового у версії 3.0.6:

• Розробка переїхав до GitHub за адресою: HTTPS: // github.com/biojava/biojava

Що нового у версії 3.0.5 :.

• Новий аналізатор для Кет класифікації
• Новий аналізатор для Стокгольмської форматі.
• Значно поліпшено уявлення біологічних зібрань білкових структур. Тепер можна заново створити біологічну збірку з асиметричною одиниці.
• Кілька виправлень помилок.

Що нового у версії 3.0.4:

• Це, головним чином, виправлена ​​помилка випуск вирішенні питань у структура і розлад модулі білка.
• Однією з нових можливостей :. Дані SCOP тепер можуть бути або зверталися з оригінального сайту SCOP у Великобританії або версії Berkeley

Що нового у версії 3.0.3:

• Значні покращення в модулі веб-служби (NCBI вибух і HMMER веб-служби).
• & Quot; Новий & Quot; fastq парсер (портована із серії biojava 1 до версії 3).
• Підтримка просіює-PDB для відображення UniProt.
• модуль Protmod перейменований в modfinder.

Що нового у версії 3.0.2:

• структури білка: Покращена обробка білкових доменів: Тепер підтримує СКОП. Нова функціональність для автоматизованого прогнозування білкових доменів, на основі білка домену Parser.
• Невеликі поліпшення і виправлення в кількох інших модулів.
• biojava3-аа-проп: Цей новий модуль дозволяє розраховувати фізико хімічних та інших властивостей білкових послідовностей
.
• biojava3 білка-безладдя: Новий модуль для прогнозування невпорядкованих областей в білках. Це засновано на реалізації Java провісника Ронн.

Що нового у версії 3.0.1:

• Реліз 3.0.1 в основному виправлення помилка звільнити для недавнього 3,0 опублікованому в якому міститься великий переписати в biojava коду.

Вимоги

• Java 1.6 або вище