BioRuby

BioRuby надає інтегровану середу для біоінформатики (біологія інформатика).
Об'єктно-орієнтована мова сценаріїв Рубін має безліч функцій, придатних для дослідження біоінформатики, наприклад, ясно, синтаксис, щоб висловити складні об'єкти, регулярні вирази для обробки тексту, як потужні, як Perl і Rsquo, S широкий спектр бібліотек, включаючи веб-служби і т.д.
Як синтаксис Рубі просто і дуже чистий, ми вважаємо, що це легко дізнатися для новачків, простий у використанні для біологів, а також досить потужний для розробників програмного забезпечення.
У BioRuby, розробник може отримати біологічні записи бази даних з плоских файлів, інтернет-веб-серверів і локальних реляційних баз даних.
Ці записи бази даних може бути розібраний, щоб витягти необхідну інформацію. Біологічні послідовності можна лікувати з повноцінною методів Рубін & Rsquo; s клас Строка та з регулярними виразами.
Бібліотека може бути інтегрована з інструментами, як Blast, Fasta, HMMER та багатьох інших програмних пакетів для біологічного аналізу.
 BioRuby підтримує основні формати біологічних даних і надає безліч способів для доступу до їх через FlatFile індексації, SQL, Web Services і т.д. Різні веб-послуг, включаючи KEGG API може бути легко використані BioRuby.

Особливості :