Стільниковий електрофізіології Моделювання довкілля (CESE) є комплексна основа спеціально розроблена для виконання обчислювальних електрофізіологічні моделювання, наприклад, моделювання серця електричної активності міоцитів.
Стільниковий електрофізіології Моделювання довкілля корисно для моделювання потенціалів дії, індивідуальних іонних струмів і змін в іонних концентрацій.
CESE це програма крос-платформний, він працює на будь-якій системі, яка має середовище виконання Java (JRE) версії 1.4 або вище. Це був протестований на Windows, Linux, Solaris, MacOS X і AIX.
CESE користувачі
CESE являє собою інтегроване середовище для виконання обчислювальних моделювання з використанням різних електрофізіологічних моделей.
На цьому етапі CESE дозволяє створення і виконання моделей одноклітинних (містять як Ходжкіна-Хакслі (HH) і марковские поточні формулювання). Моделі електричної активності кардіоміоцитів з вихідним кодом включені в розподілі CESE. Ми сподіваємося розширити кількість доступних моделей, а також додати деякі нейронні моделі в майбутньому.
Основною перевагою CESE в його однорідності і # 65533; Інтерфейс програми залишається однаковою для різних типів моделей. Ви можете легко перемикатися між моделями і порівняти виходи моделювання. Параметри моделі можуть бути змінені, обрані для виводу і / або затиснутий в те ж, стандартним способом.
CESE розширює звичайний електрофізіологічне значення "зажим напруги". Ви можете затиснути практично будь-якої моделі змінну, в тому числі напруги (мембранний потенціал), загальне або окремих іонних струмів, іонні концентрації, температури, стробирующие змінні і т.д. Команди затискні можуть бути складними кусочно-функції, індивідуально встановлені для моделі змінної інтересу , Це відкриває нескінченні можливості для дослідження складних моделей поведінки.
CESE надає прості, але ефективні візуалізації даних. Результати моделювання можуть бути представлені в графічному і табличних форм. Земельні ділянки можуть бути налаштовані, і регіони інтерес збільшено.
Навіть якщо CESE ні розроблений, щоб бути інструментом аналізу даних, ви можете генерувати відносини струму напругою (I-VS) і розрахувати статистичні параметри для даного сигналу в програмі. Ви можете експортувати дані в ASCII, Аксон текстового файлу (АТФ), і формати NetCDF продовжувати аналіз у вашому улюбленому пакеті.
CESE розробники
CESE була створена з нуля, щоб включити кращі практики програмування, доступні для розробників Java, як з точки зору узгодженості користувача інтерфейсу і ясності коду та повторного використання. Скрізь, де можливо, CESE покладатися на наявних інтерфейсів Java (наприклад, Java2D JavaBeans, JAXP) для спрощення коду.
Створення моделі потрібно ряд будинок підтримці функцій для кодованих і # 65533; вони включають ОДУ інтеграторів, підпрограми для обробки параметрів моделі, збереження / відновлення стану моделі, візуалізації результатів моделювання і т.д. CESE надає вам з реалізацією цих процедур, отже, ви можете зосередитися на написанні коду для конкретного іонного струму (и), і CESE буде обробляти все інше.
CESE не намагається створювати складні бази програмування на власній і # 65533; скоріше, вона використовує ядро Java API. Наприклад, моделі Java компоненти, відповідні специфікації JavaBeans. Ми використовуємо XML для визначення затискні команди, і сериализация для збереження / відновлення параметрів моделі.
Що нового в цій версії:
Коментар не знайдено