Геному мРНК профілювання забезпечує знімок глобального стану клітин при різних умовах. Тим не менш, рівні мРНК не забезпечують прямий розуміння вгору за течією регуляторних механізмів. Expression2Kinases (х2к) є новий підхід до ідентифікації вгору за течією регулятори, швидше за все, відповідальних за спостережувані зміни в експресії генів геному. Завдяки інтеграції чип-SEQ / чіп і позиції вага-матриць (ШІМ), даних білок-білкових взаємодій, і реакції фосфорилювання кінази-підкладки х2к може бути використаний для ідентифікації регуляторних механізмів перед генома відмінності в експресії генів. Ідея полягає в тому, щоб спочатку укласти найбільш ймовірні фактори транскрипції, які регулюють відмінності в експресії генів, а потім використовувати білок-білкових взаємодій для підключення виявлених факторів транскрипції, використовуючи додаткові білки для побудови транскрипційні регуляторні підмереж, зосереджені на цих факторах, і, нарешті, використовувати кінази-підкладку фосфорилирования білка реакції, щоб визначити і звання кандидатів білка-кінази, які, швидше за все, регулюють формування певних транскрипційних комплексів. Х2к також містить інструменти для виконання гена-лист збагачення аналізує і прогнозувати ліків, які можуть повернути назад або посилити зміни в експресії генів. . Підхід х2к може просуватися наше розуміння клітинної сигналізації і розгадати наркотики механізми дії
Вимоги
Java Runtime Environment 6.0
Коментар не знайдено