Basic Local Alignment Search Tool

Основні Local Alignment Search Tool в короткий звук являє собою набір програм пошуку подібності, призначених для вивчення всіх наявних послідовності бази даних незалежно від того, запит білка або ДНК.
Він використовує евристичний алгоритм, який шукає місцеві, на відміну від глобальних угруповань, і тому в змозі виявити взаємозв'язок між послідовностями, які поділяють лише окремі регіони схожості.
Він може бути запущений локально в якості повноправного виконуваний файл, і може бути використаний для запуску пошуку BLAST проти приватних, локальних баз даних, або завантажити копії баз даних NCBI. Вона працює на Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq ВВП, і HP-UX систем

Що нового У цьому випуску :.

• Покращення:
• Розширені документації, включає в себе спрощені інструкції з установки, доступних на http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Додана підтримка для жорстких маскування вибуху баз даних.
• Підвищення продуктивності makeblastdb для FASTA вхід з великою кількістю послідовностей, поліпшити контроль помилок.
• Дозволити кращих варіантів хітом і XML форматування в режимі Blast2Sequences
• Дозволити кілька послідовностей запиту для psiblast.
• Дозволити специфікацію будь кратної послідовності вирівнювання послідовностей в якості ведучого з аргументом -in_msa psiblast.
• Додати додатковий аргумент -input_type в makeblastdb.
• Додана підтримка для запиту і довжини, що підлягають табличними матеріалами.
• Продуктивність -seqidlist аргументу покращився.
• мінімум числа описів і вирівнювання в даний час використовується для табличній і виході XML (відповідно до поведінкою старших blastall додатків).
• виправлення:
• Makeblastdb і blastdbcmd з проблемами розбору, зберігати та видавати ідентифікатори послідовності.
• Пропущені ідентифікатори суб'єктів у табличній продукції.
• Blast_formatter ігноруючи -num_alignments і -num_descriptions
• Формат Архів Blast може бути збережений неправильно з множинними запитами.
• Blast_formatter встановлено зв'язок непотрібну мережі.
• Blast_formatter не врятувало правильно маскування інформації.
• Rpstblastn може призвести до збою, якщо шукаєте безлічі послідовностей.
• індексовані Megablast не працюватиме в багатопотоковому режимі.
• назва запиту в PSSM врятував psiblast був не зберігаються.
• Можливий збій працювати в багатопотоковому режимі з кількома запитаннями або великих послідовностей в базі даних.
• TBLASTN працює з маскуванням бази даних може пропустити матчі.
• Обрізаний вихід для введення послідовності з додатковими пробілами в defline
• Проблема з MacOSX довічних файлів на MacOSX 10.5

Що нового у версії 2.2.24:

• представляє BLAST формат архіву, щоб дозволити переформатування режимі готовності один BLAST пошук з blast_formatter.
• Це додає підтримку перекладі предмета м'якої маскування в доменній бази даних.
• Це додає підтримку для операції (btop) вихідного формату BLAST Trace-назад.
• Це додає опції командного рядка для blastdbcmd для перерахування доступних BLAST баз даних.
• Покращена продуктивність форматування пошуків віддалених вибуху. Використання послідовного коду виходу бо з умов пам'яті.
• Виправлення помилки в індексованої Megablast з кількома розділених пробілами BLAST баз даних.

Що нового у версії 2.2.19:

• змінна оточення BLASTDB тепер підтримує кілька шляхів пошуку бази даних , Коли це можливо, менше білка пошук в таблиці використовується для підвищення продуктивності.
• formatrpsdb тепер підтримує створення бази даних більше, ніж 2G.
• seedtop тепер підтримує пошук зі списками GI.
• значення X3 для BLASTN / Megablast була виправлена.