CLC Main Workbench

Цей 4-тижневий повністю функціональний демо CLC Комбінована Workbench агрегує всі послідовності ДНК аналізу CLC Гена Workbench і все послідовності білка аналіз CLC білка Workbench. Всі аналізи були повністю інтегровані в одному, зручному для користувача і інтуїтивно зрозумілий додаток програмного забезпечення

Що нового в цьому випуску :.

Покращення

• Оновлене список ферменту рестрикції з Rebase & NBSP ;.

• Виправлена ​​проблема з запуском BLAST на MacOS Sierra
• Оновлені Pfam посилання & NBSP ;. повідомляються Pfam домен інструмент пошуку
• Виправлена ​​помилка, введений в & NBSP; .. CLC Головне Workbench 7.7.2, де ферменти, перераховані в алфавітному порядку після того, як RdeGBI були відсутні відомості метилювання
• Різні дрібні виправлення помилок

Що нового у версії 7.7.2:

Workflows

• Workflow виходи тепер можна налаштувати таким чином, щоб вкладені папки, щоб утримувати виходи створюються.
• Нові наповнювачі доступні при визначенні назви виходів робочого процесу: {User}, {хост}, а також для елементів тимчасової позначки вихідного об'єкта, {рік}, {місяць}, {день}, {годину}, {хвилина}, {} другий.
• наповнювачів в межах вихідних робочих процесів імен, які раніше були доступні тільки у вигляді цифр, тепер можуть бути задані за допомогою письмових імен: {ім'я} є синонімом {1} і {} вхід є синонімами для {2}
.
• 
  <Р клас = "_ mce_tagged_br"> При використанні {2} заповнювач для призначеного для користувача іменування в вихідних робочих процесів елементів, тільки розблоковані входи будуть включені в згенерував ім'ям.
  
  
• 
  <Р клас = "_ mce_tagged_br"> У створеному PDF показані всі сконфігуровані параметри послідовності дій, записи для параметрів підключений до інструменту, або вхідний елемент тепер список імен визначальних елементів. Раніше списки параметрів для таких елементів були залишені порожніми.
  
  
• 
  <Р клас = "_ mce_tagged_br"> Коли ім'я інструменту був змінений в робочому процесі, первинна назва тепер включено разом зі зміненим ім'ям при експорті параметрів робочого процесу.

• 
  <Р клас = "_ mce_tagged_br"> Подання Історія елементів даних, створених з використанням робочого процесу в даний час включає в себе інформацію про робочий процес, який створив їх.
  
  
• Порядок інструментів в робочому процесі "Add Element" меню тепер відповідає порядку в меню Workbench Toolbox.
• Покращена перевірка робочого процесу, щоб допомогти користувачеві у визначенні входів, які будуть ігноруватися в зв'язку зі зміною елементів робочого процесу.

& NBSP;

& NBSP;

• Швидкий інструмент Запуск в даний час знаходиться в меню панелі інструментів замість меню Вид і кнопка під назвою запуску, який приносить цей інструмент був доданий на панель інструментів.

• Аналізи тепер можуть бути запущені на елементах даних, перерахованих в таблиці результати локального пошуку, вибравши елементи, що представляють інтерес, клацнувши правою кнопкою миші за допомогою миші і навігації через контекстне меню, яке з'являється.

  
  

& NBSP;

& NBSP;

• & NBSP, A & NBSP; ". Видалити асоціації (и)" варіант для видалення асоціацій метаданих з обраних елементів даних було додано гріх вид елементів метаданих, в правою кнопкою миші контекстне меню

• У метаданих Знайти Associated Data View тепер також можна використовувати Знайти в області навігації, якщо вибрано кілька рядків.

  
  
• При імпорті метаданих з таблиці з формулами в ній, результат оцінки по формулі (як показано в Excel) в даний час імпортується, а не сама формула.

& NBSP;

• Все комунікації сервера NCBI тепер в зашифрованому вигляді. (NCBI буде рухатися все веб-сервіси до протоколу HTTPS 30 вересня 2016 року) & NBSP ;.

  
  

• Список ферментів попередньо встановлених в інструментальних засобах & NBSP ;. Був оновлений з Rebase

  
  

• Параметр "не входить в список" був введений в якості нової опції фільтрації таблиці.

  
  

• прочитати відомості про групу тепер відображаються на поданні елемента Info списків послідовностей.

  
  

• GenBank імпорту тепер також дозволяє для імен файлів з розширенням 'GBFF'.

  
  

• "Сортування папка" інструмент тепер використовує числовий сортування для імен файлів з приставкою номером.

• Нові наповнювачі доступні при визначенні імен експортера виходів: & NBSP; {Користувач}, & NBSP; {хост}, а також для елементів тимчасової мітки вихідного об'єкта, {рік}, & NBSP; {місяць}, & NBSP; {день}, & NBSP; {годину, & NBSP; {хвилина}, & NBSP; . {} другий & NBSP;
• наповнювачів в межах вихідних експорту імен, які раніше були доступні тільки у вигляді цифр, тепер можуть бути задані за допомогою письмових імен: {вхід} є синонімом {1}, {розширення} є синонімом {2} і {лічильник} є синонім {3}.

Що нового у версії 7.7.1:

• Виправлена ​​проблема, яка виникла при виконанні робочих процесів з декількома входами в пакетному режимі, де зміни в заздалегідь визначених, фіксовані входи, зазначені в процесі запуску не були застосовані.
• Виправлена ​​помилка, при якій інструмент Motif Пошук неправильно повідомляє всі збіги точностей або як 0% або 100%.
• Виправлена ​​проблема, при якій сортування папку при збереженні в нього може викликати помилку.
• Виправлена ​​помилка в діалозі пакетному режимі, що призведе до помилки, коли виникали проблеми, пов'язані з основною файл або дані про місце розташування.

Що нового у версії 7.7:

Імпорт метаданих - основний і простий імпорт метаданих. Цей інструмент доповнює інструменти, доступні в метаданих таблиці редактора.

Що нового у версії 7.6.4:

• Виправлена ​​помилка, коли пошук послідовностей в НЦБ інструмент не зможе завантажити нуклеотидні послідовності, з повідомленням про помилку "Наступні послідовності вже завантаженій правильно.
• Виправлена ​​проблема з BLAST в NCBI кроці Створення Протеїн звіту інструменту.
• Виправлена ​​помилка, що призводить до помилки при експорті VCF, де дані, які беруть участь спочатку були імпортовані з VCF файлів і значення в поле QUAL були цілими числами & NBSP ;.

<Літій> Експорт з плаваючою комою (десяткових чисел) до VCF & NBSP; формат раніше були в залежності від зазначеної місцевості. Це було виправлено, так що & NBSP; десятковий роздільник & NBSP ;. Тепер завжди є точкою
• При виконанні автоматичного об'єднання метаданих, журнал тепер показує, які рядки метаданих не були пов'язані з будь-якими даними.
• Виправлена ​​помилка, яка дозволяла метадані по експлуатації інформацію можна отримати з в Workbench.
• Виправлена ​​помилка, при якій робить автоматичну зв'язок з використанням таблиці метаданих, що зберігається на сервері CLC зазнає невдачі.
• Автоматичне об'єднання метаданих тепер обробляє асоціацію, засновану на префікс імен даних, а й точну відповідність з назвою всієї даних.
немає
• У таблиці метаданих більше не потребує ключовий стовпець для її рядки повинні бути вручну пов'язані з елементами даних.
• Можливість перевизначити ролі метаданих раніше видимі в конфігурації виходів робочого процесу був видалений.
• Виправлена ​​помилка відбувається, коли Workbench Місцезнаходження даних вказував на файл в системі, а не в папку. Тепер воно буде відображатися як недоступні в області Workbench навігації.
• Enabled спливаючі підказки для всіх параметрів при налаштуванні і виконання робочих процесів.
• Процес Логін з Workbench до CLC Тепер сервер повинен завершити перед відкриттям CLC URL почнеться.
• Виправлена ​​проблема на Маках, де Workbench не був визнаний в якості обробника користувацького протоколу для CLC :. // URL-адрес
• Вирішений рідкісний виняток, яке виникає може ініціюватися перемикання вид редактора з подвійним клацанням миші.

Що нового у версії 7.6.3:

Нові функції і поліпшення

• Дозування на обраних елементах тепер можливо: він використовується для бути обмежена обраних папок
.
• Тепер можна вибрати "EST" в якості бази даних при використанні пошуку для послідовностей на NCBI інструменту.
• Ієрархічна кластеризація зразків інструменту в даний час можуть бути виконані в рамках робочих процесів і на сервері.
• Покращене керування пам'яттю при обробці великих елементів звіту.
• Спливаючі на листках дендрограмм тепер відображається опис послідовності прикріпленим.
• Числа більше не додаються до імен елементів робочого процесу при створенні копії робочого процесу за допомогою функції «Open Copy робочого процесу".
• Управління метаданими. Слідкуйте вхідних файлів і імпортувати мета-інформацію для ваших зразків.

Виправлення помилок

• Виправлена ​​рідкісна помилка, при якій відбувається верстаті буде відображати повідомлення про помилку при установці 3rd Party ліцензійну плагін.
• Виправлена ​​помилка, при якій вибір запис в таблиці результатів Blast може виділити неправильне вирівнювання в редакторі Blast, якщо таблиця була відфільтрованої або сортування.
• Виправлена ​​помилка, коли натиснувши на анотацію в редакторі дизайну Грунтовки може привести до повідомлення про помилку.
• Виправлена ​​помилка, коли анотацій, що натягнуті кінці кругової послідовності буде неправильно поміщений в циклічної послідовності View.
• Виправлена ​​помилка, що приводила верстак, щоб заморозити, якщо деякі послідовності були показані в кругового огляду з радіальним рендеринга етикеток.
• Виправлена ​​помилка, що експортуються звіти, які мають неправильний автор в певних ситуаціях.
• Виправлена ​​помилка, в результаті чого Створення Box сюжет і головних компонент, аналіз іноді може бути запущений з нелегальними аргументами, що призводить до повідомлення про помилку.

<Літій> Вихід інструменту зворотного комплементарної послідовності тепер отримує суфікс-Rc, пов'язаного з ім'ям входу замість -1 до того.
• Виправлена ​​помилка в Прогнозувати вторинного інструменту конструкції, коли можливість обчислити функцію розподілу була обрана для довгих молекул (& GT, 1000 нуклеотидів).
• Виправлена ​​проблема, при якій ніхто не міг покращити якість зображення після зменшення зображення повністю на дуже великих робочих процесів.
• Виправлена ​​помилка, яка дозволяла кореневу папку на Windows, диски від використання в якості файлу Місцезнаходження.
• Виправлена ​​проблема, коли оновлення існуючої установки на Windows, призведе до файлу .vmoptions бути видалений, що робить Workbench біг зі зміною Java за замовчуванням.

Що нового у версії 7.6.2:

• Додана робота навколо питання Java, що іноді призводило до Workbench відображення неінформативне помилку і вимагає перезавантаження, щоб продовжити роботу.
• Виправлена ​​проблема з запуском BLAST в NCBI, де NCBI-похибка про їх CPU межі використання перевищення не повідомляється прозоро і в результаті "без хітів" був повідомляється замість.
• Виправлення було застосовано, щоб уникнути виключення у випадках, коли очищення завантажених файлів з BLAST не вдалося.
• Зворотний Перевести інструмент ігнорується будь-генетичний код, вказаний в таблицях частот кодонів. Весь зворотний переклад, таким чином, за замовчуванням стандартного генетичного коду.
• При установці робочого процесу з згрупованих даних, він більше не можливо, щоб вибрати папку для читання тільки для зберігання даних.
• Виправлено невірне відображення "Підтримуваний формат" при експорті елементів з будь-якого редактора папок або редактора Local Search.
• Виправлена ​​помилка потенційного неправильного файлу зберігаються при редагуванні файлу знайдений за допомогою редактора Local Search.
• Ділянки всередині звітів тепер відображаються з їх збережені настройки бічній панелі.
• Виправлено збереження різних кольорів лінії на ділянках через бічну панель.
• опція Бічна панель, щоб показати легенди для ділянки з більш ніж 10 зразків в даний час включено.
• Виправлена ​​помилка, яка призвела до помилки при візуалізації ділянок для порожніх наборів даних.
• Виправлена ​​проблема, коли "Порожні кошики" був недоступний іноді неправильно.

Що нового у версії 7.6.1:

• ГЦФ експортер тепер доступний для головного Workbench.
• транскріптоміка експеримент і зразок таблиці тепер можуть бути відсортовані, навіть з великою кількістю рядків.
• Поліпшення Excel, HTML і табуляцією експорт варіантів (Виберіть тільки анотацій / стовпці, потрібно).

• Виправлена ​​помилка зачіпає "вирізати послідовність до / після вибору" інструменту в редакторі Cloning.
• Виправлена ​​помилка, при якій була інтерпретована лівою кнопкою миші потім швидко правою кнопкою миші, як подвійне клацання на OS X (в списку результатів пошуку наполегливість, в дереві панелі інструментів, і в редакторі робочого процесу).

Що нового у версії 7.6:

• Треки:
  • Послідовне вихід при збагаченні варіантні доріжок і анотацій доріжок з додатковими стовпців таблиці. Вихідні треки з цих інструментів тепер мають однакову кількість доданих стовпців таблиці і стовпчики завжди будуть знаходитися в тому ж порядку. Раніше, якщо додатковий стовпець мав порожні значення для всіх варіантів рядків, він був би видалений з фінального столу, в результаті чого в тій чи іншій номер і відносний порядок додаткових стовпців, коли кілька зразків були оброблені з тими ж інструментами / робочими процесами. Всі стовпчики зберігаються в даний час, що полегшує подальшу обробку експортованих таблиць, а також надання негайну візуальну посилання, як, до яких були застосовані збагачення / анотацій інструменти, навіть якщо вони не дали ніяких результатів для конкретного зразка.
  • Столи для варіантних доріжок і анотацій треків тепер можна сортувати і фільтрувати стовпці з осередками, що містять кілька номерів.
  • Поліпшення глядач трек для варіанту траси, щоб показати зміну послідовності на наданій варіант.
  • Графік треків тепер показують негативні значення заповнені вгору у = 0 (як і очікувалося).
  • Збільшення десяткових знаків для чисел при експорті таблиці в CSV, табуляцією текст і Excel.
  • Поліпшення звітності помилок, пов'язаних з низьким дискового простору.
  
  

Що нового у версії 7.5.1:

• Тепер можна запустити робочий процес без додаткового введення.
• Інструмент AAC НЕ аннотирования варіанти в 3 'UTR з їх зміною ДНК-рівня з використанням HGVS c.xxx формату. Це впливає на будь-який аналіз, проведений з Gx 7.5 або більш ранньої версії, заснованої на Ensembl CDS треків зі старих повнотекстові. Аналіз AAC повинен бути перероблений з використанням Gx 7.5.1 для правильної анотацією.
• Pfam фільтрація помилка виправлена. Раніше Pfam тільки повідомив перший домен кожного типу в запиті, і, як наслідок було пропущено багато доменів. Ми рекомендуємо користувачам, чиї дослідження залежить від Pfam анотацій повторно запустити засіб на своїх даних.
• Виправлена ​​помилка в інструменті 'максимальної правдоподібності філогенезі', які не вдалося при генерації початкового завантаження значення для деяких вхідних створах.
• Виправлена ​​проблема з прокруткою в відповідних файлах при виборі об'єктів в якості параметрів в чарівників інструментів.
• В результаті вибуху текстові результати були вдосконалені таким чином вони показують правильний запит і предметні позиції незалежно від нитки.
• Виправлена ​​проблема, яка перешкоджала операції BLAST при виборі для запуску їх на CLC Server.
• Тепер можна запустити робочий процес без додаткового введення.