DendroPy

Це забезпечує класи та функції для роботи з філогенетичних даних, таких як дерева і характеру матриць.
Він також підтримує читання і запис даних в діапазоні стандартних форматах філогенетичних даних, таких як Nexus, NeXML, PHYLIP, Newick, FASTA, і т.д. ..
Крім того, скрипти для виконання деяких корисних філогенетичні обчислення розподіляються в рамках бібліотеки, такі як SumTrees, який підсумовує підтримку розколів або скарби даних по задньому зразка філогенетичних дерев.
Там поширені документацію та навчальні файли в пакет завантаження

Що нового У цьому випуску :.

• Нова інфраструктура для метаданих анотації :. AnnotationSet і Анотація
• Повна підтримка NeXML 0,9 розбір метаданих і письмовій формі.
• get_from_url () і read_from_url () методи в даний час дозволяють для читання філогенетичних даних з URL.
• модуль сумісність Додано Гимба (& Quot; dendropy.interop.gbif & Quot;)
.

Що нового у версії 3.12.2:

• Нова інфраструктура для анотацій метаданих: AnnotationSet і Анотація.
• Повна підтримка NeXML 0,9 розбір метаданих і письмовій формі.
• get_from_url () і read_from_url () методи в даний час дозволяють для читання філогенетичних даних з URL.
• модуль сумісність Додано Гимба (& Quot; dendropy.interop.gbif & Quot;)
.

Що нового у версії 3.11.0:

• Новий скрипт додаток для об'єднання галузевих етикетки з усією кілька вхідних дерева :. sumlabels.py
• Новий клас сумісність dendropy.interop.seqgen.SeqGen :. обгортка для Seq-Gen інтегровані в бібліотеку
• Нова функція сумісність dendropy.interop.muscle.muscle_align () :. обгортка для вирівнювання MUSCLE
• Новий клас сумісність dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner :. обгортка для RAxML
• метод prune_taxa () додані в CharacterMatrix.
• Модулі Математичні переїхав до своєї підпакету :. dendropy.mathlib
• Новий модуль для матричних і векторних обчислень :. dendropy.mathlib.linearalg
• Новий модуль для статистичного розрахунку відстані :. dendropy.mathlib.distance
• Сім'я Махаланобіса розрахунок відстані функцій в dendropy.mathlib.distance :. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Махаланобіса, mahalanobis_1d

Що нового у версії 3.9.0:

• Нові можливості:
• філогенетичних незалежні контрасти (ПОС) аналіз тепер може здійснюватися за допомогою класу dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Спрощена міститься Коалесценти (ген дерево видового дерева) моделювання.
• Зміни:
• Ключове слово аргументи as_string (), write_to_path (), write_to_file, і т.д. методи були перероблені, щоб стати більш послідовним для NEXUS і форматів Newick. Попередні ключові слова раніше підтримуються, але будуть застарілими. Новий набір ключових аргументів, підтримуваних можна побачити в: Ref: NEXUS і Newick писати на замовлення і # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; розділ.
• NEXUS і Newick формати тепер за замовчуванням чутливі до регістру таксон етикетки; вкажіть case_insensitive_taxon_labels = False для випадку чутливості.
• виправлення:
• Читання з чергуванням характер НЕ матриць більше не результати в наступному кварталі будучи пропущений (NEXUS).
• Опинившись OverflowError при розрахунку зведених статистичних даних.

Що нового у версії 3.8.0:

• дерево об'єктів тепер можна rerooted в середині (див Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Анотації (тобто атрибути дерево, вузлів або прикордонних об'єктів, які мали і Quot; анотований () & Quot; звану на них) тепер можна записати у вигляді зауважень метаданих (& Quot; [& поле = значення] & Quot;) при написанні NEXUS / формат Newick якщо ключове слово аргумент annotations_as_comments використовується.
• При читанні в NEXUS / дерева формат Newick, вказавши extract_comment_metadata = True призведе в коментарях метаданих втягнуті в словнику, з ключами бути імена полів і значення того значення полів.
• При читанні даних у форматі NEXUS, набори блоки будуть оброблені, і набори символів розбирається у відповідній CharacterDataMatrix.
• Набори символів (як, наприклад, аналізується з NEXUS КОМПЛЕКТИ блоків: см вище) можуть бути експортовані в якості нових об'єктів CharacterDataMatrix й спасетесь / маніпулювати / ін. independentally.
• При написанні в NEXUS або Newick форматів, то write_item_comments ключове слово аргумент (істина чи брехня) може контролювати чи розширені коментарі, пов'язані з вузлами на деревах будуть записані чи ні.
• клас TopologyCounter додані dendropy.treesum :. дозволяє відстежувати топології частот
• treesplits.tree_from_splits () дозволяє побудови (топології-тільки) дерев з безлічі розколів.
• Самое функціональні можливості, які використовуються, щоб бути "dendropy.treemanip" тепер перенесені в рідній методів класу dendropy.Tree. "Dendropy.treemanip" буде застарілим.
• Дерева тепер можна обрізати на основі списку таксонів етикеток для видалення або збереження (раніше, методи будуть приймати тільки списки об'єктів таксону).

Що нового у версії 3.7.1:

• Нові можливості:
• Реалізація "Генеральний семплювання підходу» (Хартман і ін +2010: ... Вибіркові Дерева з еволюційних моделей; Сист біологічних 49, 465-476). Метод імітації дерев від моделі народжуваності-смертності
• Зміни:
• Правильні імена / послідовні для деяких імовірнісних функцій.
• виправлення:
• Виправлена ​​помилка в підтвердженні перезапису вихідного файлу при використанні SumTrees '-e' / '- Спліт-ребер. Опція
• Давня та плямами напів-скам'янілі посилання на «taxa_block" виправлено на "taxon_set.

Що нового у версії 3.7.0 :.

• мігрували в ліцензії BSD-стилю

Що нового у версії 3.6.1:

• SumTrees тепер працює (в послідовному режимі) при старше версії Python (тобто & # x3c; 2,6).
• Виправлення для сумісності з Python 2.4.x.

Що нового у версії 3.5.0:

• Метод Додано ladderize (), щоб замовити вузли за зростанням (за замовчуванням) або по убуванню (ladderize (праворуч = True)) порядку.
• Додана & Quot; звір Резюме дерево & Quot; Специфікація схеми для обробки ЗВІР анотовані консенсусу дерева.
• Додана новий модуль для взаємодії з базами даних NCBI :. dendropy.interop.ncbi

Що нового у версії 3.4: ..

• У комплекті ez_setup.py оновлюються до останньої версії

Вимоги

• Python 2.4 до 3.0