E-Cell System

E-Cell Система концепція побудови віртуальних клітин на комп'ютерах.
E-Cell Система об'єктно-орієнтованого програмного забезпечення люкс для моделювання, імітації та аналізу великомасштабних складних систем, таких як біологічні клітини, спроектовані по Kouichi Такахаші та написаних чудової команди розробників. Основні частини системи, E-Cell Моделювання довкілля версії 3, дозволяє багато компонентів обумовлений декількома алгоритмами з різними термінами до співіснують.
E-Cell проект є Міжнародний дослідницький проект, спрямований на розробку необхідних теоретичних опор, технології та програмні платформи, щоб моделювання точний клітин весь.
E-Cell Система складається з наступних трьох основних частин:
- E-Cell Моделювання навколишнього середовища (або E-Cell SE)
- E-Cell середовище моделювання (або E-Cell ME)
- E-Cell Аналіз Інструментарій

Особливості

• bbli Основні можливості:
• Об'єктно-орієнтоване моделювання та моделювання складних систем.
• Plug-в архітектурі. Нові класи користувальницького об'єкта можуть бути розроблені, динамічно завантажується, і використовується в моделюванні.
• в реальному часі взаємодія з користувачем і візуалізація в ході моделювання.


• Сценарії
• Python сценаріїв сеансу моделювання (маніпуляції Run / Stop / параметр / обробка даних і т.д. ...).
• Python сценаріїв з імітаційного експерименту, який включає багато пробігів сесій моделювання (наприклад, налаштування параметрів, обміну речовин і т.д. аналізу управління ..)
• Python сценаріїв генерації моделі файлу (наприклад, для автоматизованого побудови моделі з бази даних).

<Клас Li = ""> bbli Сумісність:
• Рівень SBML 1/2 імпорту.
• Рівень SBML 1/2 експорту.


• Паралельні обчислення:
• пам'яттю, мульти-нить розпаралелювання однієї сесії моделювання. (Повинні бути об'єднані в основний гілці.)
• Кластер і сітки розподілені обчислення кількох сеансів моделювання. Sun Grid Engine (Globus Toolkit).

Що нового У цьому випуску :.

• Ця версія додає різні виправлення

Що нового у версії 3.1.107 RC2:

• Виправлена ​​помилка в ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Виправлена ​​помилка в ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Що нового у версії 3.1.107 RC1:

• Виправлена ​​проблема збірник на новій GCC (& GT; = 4,3). (Moriyoshi)
• Вбудовані pyecs в pyecell. (Moriyoshi)
• Об'єднаний ecell.emc в ecell.ecs щоб уникнути статичного ініціалізації дивина в якійсь платформі (у тому числі Mac OS X). (Moriyoshi)
• Два фронтенд GUI (сесія-монітор і модель-редактор) були відновлені в два пакети пітона модулів, ecell.ui.osogo і ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• переміщена GtkSessionMonitor в ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor, що проживає в ecell / інтерфейс / SESSION_MANAGER. (Moriyoshi)
• Перейменовано ecell.SessionManager в ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Вилучено наступні константи з ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)