MetagenomeDB

MetagenomeDB це бібліотека Python розроблена легко зберігати, витягати і коментувати метагеномного послідовності і NBSP ;. MetagenomeDB виступати в якості рівня абстракції поверх бази даних MongoDB. Це забезпечує API для створення і редагування і підключення двох типів об'єктів, а саме послідовностей і колекцій:
& NBSP; * послідовності (клас послідовності) може бути читає, контігов, ПЛР клонів, і т.д.
& NBSP; * збірники (Колекція клас) являє набори послідовностей; наприклад, читає в результаті секвенування зразка, контігов зібраний з безлічі читає, бібліотеки ПЛР
Будь-який об'єкт може бути анотований з використанням синтаксису словник, як:
# -Перший, Ми імпортуємо бібліотеку
імпорт MetagenomeDB в MDB
# Те створюється новий об'єкт послідовності з двома
# (Обов'язкові) властивості "Ім'я" і "послідовність"
S = mdb.Sequence ({"ім'я": "Мій послідовність", "послідовність": "atgc"})
# Об'єкт тепер можна анотований
Принт з ["довжина"]
з ["типу"] = "читати"
# Один раз змінена, об'єкт потрібно бути скоєно
# У базу даних для модифікації, щоб залишитися
s.commit ()
Об'єкти типу послідовності або збору можуть бути підключені один до одного для того, щоб представляти різні набори даних метагеномного. Приклади включають, але не обмежуються ними:
& NBSP; * колекція читає результаті секвеніруют перспективі (відносини між декількома послідовності об'єктів і один Collection)
& NBSP; * набір контігов результаті збирання набору читає (відносини між двома об'єктами збору)
& NBSP; * говориться, що є частиною контіга (відносини між декількома послідовності об'єктів і одна послідовність)
& NBSP; * послідовність, яка схожа на іншу послідовність (відносини між двома послідовності об'єктів)
& NBSP; * збір, який є частиною більш великого зібрання (відносини між двома об'єктами збору)
Результат мережу послідовностей і збору, який може бути вивчені за допомогою спеціальних методів; Гно, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Кожен з цих методів дозволяє для складних фільтрів, що використовують запити статусу синтаксис MongoDB:
# Список всіх збірників типу "collection_of_reads"
# Послідовність 's' належать
Колекції = s.list_collections ({"тип": "collection_of_reads"})
# Список всіх послідовностей, які також ставляться до цих колекціям
# З довжиною не менше 50 б.п.
для З колекцій:
& NBSP; друк c.list_sequences ({"довжина": {"$ GT": 50}})
MetagenomeDB також надає набір засобів командного рядка для імпорту нуклеотиднихпослідовностей, білкових послідовностей BLAST, і FASTA вирівнювання алгоритмів виходу, і файли АПФ збірки. . Інші інструменти надаються, щоб додати або видалити декілька об'єктів, або коментувати їх

Вимоги

• Python