NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit надає безкоштовні, портативний, публічних бібліотек області з ніякі обмеження не використовувати. Вона працює на Unix, MS Windows, і Mac платформ ОС:
ย ท мережі та синхронізація взаємодії (IPC) бібліотека з IOSTREAM адаптерів
ย ท MultiThreading Бібліотека
ย ท CGI і Fast-CGI Бібліотека
ย ท HTML покоління Бібліотека
ย ท SQL Database бібліотеки доступу
ย ท C ++ обгортка бібліотеки для BerkeleyDB
ย ท C ++ IOSTREAM адаптер / Wrapper бібліотека
ย ท GZIP і BZ2 C ++ бібліотеку оболонки з IOSTREAM адаптерів
ย ท ASN.1 і бібліотека XML сериализация C ++ код генератор інструмент (datatool)
ย ท Дата і час бібліотека
ย ท File System Function Library
ย ท аргумент командного рядка, настройка та обробка Бібліотека навколишнє середовище
ย ท Послідовність Вирівнювання алгоритмів бібліотеки
ย ท Бібліотека BLAST двигуна
ย ท біологічних послідовностях отримання та обробки Бібліотека
ย ท Портативний FLTK і OpenGL на основі GUI і графічні бібліотеки
Крім того, вище, є набагато більше корисних бібліотек, як загального призначення та біотехнології, пов'язаних з, які постійно розвиваються, зберігаються і використовуються у виробництві реальному житті сотні веб-сайтів і окремих додатків і їх програмістів (також враховується в сотні).
Якщо ви C ++ розробник ви знайдете портативний характер бібліотек дуже корисних в будівництві крос-платформних додатків, навіть якщо у вас немає великого інтересу в галузі біоінформатики. Бібліотеки, такі як ті, для CGI / Fast-CGI, HTML, мережі, доступ SQL бази даних, ASN.1 і XML серіалізациі досить загального призначення і можуть бути використані в різних додатках поза проблемної області біоінформатики.
C ++ Toolkit піддається активному розвитку з бібліотеками будуються щоночі. Вихідний код знаходиться у вільному доступі через FTP і CVS. Документація для C ++ Toolkit доступні в Інтернеті у форматі NCBI Книжкова полиця, а також у вигляді завантажуваних книга у форматі PDF акробата

Що нового У цьому випуску :.

• Основні характеристики:
• Додана LDS2 (Local v.2 зберігання даних), яка заснована на SQLite3, має нові функції і більш високу продуктивність. Також реалізована LDS2 навантажувач даних використовувати LDS2 від диспетчера об'єктів.
• XmlWrapp -за зручно обробка XML API, в основному, закінчена (і навіть поліровані).
• Реалізовані туннелирование та авторизації HTTP з'єднань і туннелирования захищених сокетів, через HTTP проксі.
• CFormatGuess тепер дозволяє розрізняти GTF, GFF3 і GFF2. Це, можливо, зломити змін. Для більш детальної інформації дивіться нижче.
• Реалізовані великі частини CFeatTree, клас організувати ознаки, визначені на біологічному послідовності в ієрархії, яка відображає їх відносини батьківський-дочірній (на основі художніх підтипів).
• CORELIB:
• Реалізовані незалежним від мовних налаштувань перетворення рядка в два рази і назад; Змінені основні бібліотеки, щоб використовувати його.
• НРТР :: Обгрунтуйте () - для форматування абзаців тексту
.
• CNcbiApplication - зробити FindProgramExecutablePath на місці, і більш надійні; додати статичний метод GetAppName більш високого рівня. Подивіться на глобальних конфігураційних файлів в більше випадків.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Новий метод впливу на логіку, визначальну, який файл (якщо такі є), щоб завантажити
• CEnvironmentCleaner -. Новий клас, щоб скасувати змінні небажаних середовища
• CFileIO - назад у вихідне поведінки :. Чи не закривати дескриптор файлу, якщо він призначається за допомогою SetFileHandle ()
• серійний номер:
• Серіалізация об'єктів даних AnyContent - виправлена ​​розпізнавати і правильно обробити атрибути в їх значення
.
• Виправлена ​​читання XML даних призначити значення елемента за замовчуванням, коли він не має ніякого змісту.
• Додана підтримка послідовностей елементів, де елемент має значення за замовчуванням.
• DATATOOL:
• Виправлена ​​генерація коду:
• об'єкти даних вибором;
• двійкові типи даних з атрибутами.
• Виправлена ​​перетворення подвійних значень типу, щоб зберегти значніші цифри.
• CONNECT
• Додана опція підтримує роз'єм (fSOCK_KeepAlive).
• Додана NCBI тесту з'єднання (CConnTest).
• Утиліти:
• g_FindDataFile -. Нова функція для пошуку файлів даних в (настроюється) стандартних місцях
• CChecksumStreamWriter -. Новий клас для обчислення контрольної суми даних, записаних в потік
• g_GZip_ScanForChunks () - новий API для запиту стислих позиції потоку. Додано реалізації для отримання позиції для окремих GZIP-файлів всередині каскадної файлу GZIP.
• Додана компресії / декомпресії потокових маніпуляторів (у тому числі / Корисне / стиснення / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (Корисне / format_guess. {H / C} п.п.) оновлюється, з, можливо, зломити зміни. Метою цього є, щоб CFormatGuess розрізняти GTF, GFF3 і GFF2. В даний час він змішує всі з цих форматів в одне значення 'eGtf. Значення старого 'eGtf "(3) замінюється на' eGtf_POISONED», і не будуть повернуті знову. Нове значення "eGtf" (21) означатиме файл, який повинен бути прочитаний з CGtfReader (objtools / читачів / gtf_reader.hpp). Нове значення "eGff3 '(22) для файли, призначені для читання з CGff3Reader (objtools / читачів / gff3_reader.hpp), і« eGff2 "(24) для файлів призначений для читання з CGff2Reader (у тому числі / objtools / читачів /gff2_reader.hpp)
• біооб'єктів:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Новий метод, щоб допомогти місце послідовності, імпортовані з FASTA файлів з технічними дальності в більше контексту; обгорнутий CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (також нового).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Впровадження або поліпшити визнання для більш префіксів (Ga, НН, HI, HO-Ху, JA-Джо, ЄААА-EZZZ, і IAA-Ізз, деякі з яких відповідно до нової можливістю DDBJ TPA даних WGS) і змішані-в ДТС білка приєднань (в основному з EMBL, але деякі з GenBank теж).
• Розрізняють WGS майстер приєднання нової бітом прапора. Відпочинок за-строгій логіці розпізнавання PDB.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Нова функціональність для роботи з ідентифікаторами звичайний текст послідовності, винести з-під CFastaReader і кілька узагальнити
• SSeqIdRange - Новий тип (в комплекті з аналізатором і на льоту і Quot; итератор і Quot;) для роботи з діапазонами Після ВД, а присутня в деяких модифікаторів вихідних FASTA defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - При бажанні приймати власні назви для окремих послідовностей. Теги негативної ланцюгом діапазони з провідними 'C років.

.
• CFastaReader - Підтримка негативної ланцюгом хребтів і синтаксис розрив компактний defline стилі блискіток (в? & Quot; & GT; N & Quot ;, де N є кількість, або & Quot; & GT; unk100 і Quot;)
• Cobalt:
• Додана Параметр командного рядка -num_domain_hits, що обмежує число зберігаються доменів на послідовності, використовуваної при розрахунку вирівнювання обмежень.
• филогенетические дерева:
• Додана високорівнева інтерфейс для обчислення філіпченкове дерево від вирівнювань (наприклад, BLAST і результати кобальт). Клас CPhyTreeCalc обчислює філіпченкове дерево, і CPhyTreeFormater друкує дерево в Newick і Nexus форматі.
• BIO-бібліотек об'єктів:
• Реалізовані CheckNumRows () та інші методи для розріджених рядів.
• Щоб зменшити обсяг пам'яті: додана для читання гачки, щоб зменшити обсяг пам'яті, використовуваний вирівнювання після десеріалізациі; Na-нить тепер використовує один байт пам'яті, де це можливо; Score.value вибір тепер вбудований в CScore.
• Капіталізація вступ до CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-диспетчер об'єктів:
• Додана методи отримання для логічних полів в CTableFieldHandle.
• Додана GetBestGeneForFeat () на основі CFeatTree.
• Реалізовані GetBestOverlappingFeat () на CFeatTree.
• Додана швидка Cscope :: GetTaxid ().
• Реалізовані масове завантаження АКК / версія, Г. І., етикетка, і taxid.
• Додана прогалини нульової довжини перевірте CSeqMap і CSeqVector.
• Реалізовані GetLength () і GetCoverage () для місць облігацій.
• Покращення:
• Додана допоміжний метод, щоб заповнити CFeatTree на місці.
• Прискорена відображення простих місцях CSeq_loc_mix в CFeat_CI.
• Жорсткість сортування функцій в CFeat_CI, щоб уникнути двозначності.
• CSeq_feat_Handle здобувачами в даний час працюють з SEQ-таблиці є теж.
• Особливості Seq столу тепер підтримують користувальницькі поля багаторівневі.
• Для Seq-подвиг SEQ-таблиці в даний час визнається, навіть якщо перебуває в режимі розділеного шматка.
• Прискорена CBioseq_Handle :: ADDID ().
• Оптимізований Cscope :: AttachXxx ().
• Підтримка розкол імені анотації.
• CSeqVector і CanGetRange CSeqVector_CI () в даний час повернутися помилковим, а не кидати виняток.
• дозволяє вказати, як боротися з існуючими ручками в ResetHistory ().
• Оптимізований повторно виховання, якщо більше функції будуть додані CFeatTree.
• Додана можливість налагодження Cscope створення / видалення.
• багато змін в C ++ функціональності очищення, щоб імітувати функціональність очищення, яка вже існує в С. Існує ще багато що належить зробити з BasicCleanup, але значний прогрес був досягнутий. Невелика робота була пророблена для ExtendedCleanup досі.
• CSeq_loc_Mapper тепер можна ініціалізувати з GC-Асамблеї.
• виправлення:
• Виправлена ​​відображення локацій суміші на мінус нитки в CFeat_CI.
• Багато виправлень в дорозі CFeatTree посилання Можливості.
• Кілька виправлень безпеки потоків.
• Виправлена ​​помилка запобігання додавання вирівнює і графіки для CSeq_annot_EditHandle.
• Забезпечити захист від винятків, коли функції сортування, в CFeat_CI.
• GENBANK DATA навантажувач:
• З нами HPRD зовнішні анотації.
• Додана опциональная exclude_wgs_master параметрів в pubseqos / pubseqos2 читачів.
• Реалізовані масове завантаження АКК / версія, Г. І., етикетка, і taxid.
• Додана CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Поліпшення:
• запити завантаження Використання сипучих в Cscope :: GetBioseqHandles ().
• Окрема статистика читача типу завантажених краплі.
• Додана мітка для GenBank налагоджувальних повідомлень.
• Використання IConnValidator для відкриття PubSeqOS з'єднання.
• Додана спліт-версія на запити порцій і порцій підрозділів в GenBank кеш, щоб уникнути використання неправильних шматки, коли крапля сплати стан змінюється в ID.
• Додана вторинні менш заплутаною імена параметрів для відкритого тайм-аут.
• Чи не помножити число спроб за кількістю підключень.
• Диспетчер об'єктів випробувань і демо-додатки:
• id2_fetch_simple. - Долучення -Id варіанти довільні SEQ-ідентифікаторів
• test_bulkinfo -. Новий додаток тест
• FASTA:
• функціональність особливість ТАБЛИЦЯ C ++ була зроблена більше такий функціонал, як і для частини проекту BankIt.
• asn2flat утиліти
• Величезна кількість змін в FlatFile форматтер, щоб принести його набагато ближче до релізу, стан готовності (можливо, випустить готовий на даний момент, хоча залишаються деякі відносно незначні проблеми).
• XMLWRAPP:
• Виправлена ​​помилки сегментації у разі прийняття посилання на вираз XPath працює результати.
• Додана помічників отримати суспільну ID, ідентифікатор системи та ім'я DTD для зовнішніх і внутрішніх підмножин.
• Додана методи для пошуку атрибути вузлів.
• Виправлена ​​виконання вираження XPath :. Тепер починається з даного вузла
• Виправлена ​​пошуку атрибутів (у тому числі дефолту), коли простір імен передбачено.
• Додана можливість запуску вираз XPath без необхідності реєстрації імен в явному вигляді.
• Додана можливість надає контейнери для збору помилок і попереджень при розборі документів.
• Додана можливість змінювати значення і простору імен атрибутів за замовчуванням вузла.
• Додана можливість перевірити, якщо атрибут за замовчуванням.
• Додана можливість вставляти або видаляти атрибути, беручи до уваги їх імен.
• Додана можливість позбавити декларацію XML коли документ зберігається.
• WindowMasker:
• Додана нова формат вводу, & Quot; seqids і Quot ;; з цього вхідного формату, вхід файл, що містить послідовність ID на кожній лінії, і алгоритм використовує Менеджер Bio-Object, щоб подивитися послідовності.
• додали новий клас CWinMaskConfig, для зберігання всіх параметрів конфігурації WindowMasker. Клас може бути використаний для додавання необхідних аргументів командного рядка для CArgDescriptions, а потім отримати параметри конфігурації з аргументів командного рядка.
• BUILD Framework (UNIX):
• Інтерпретувати специфікації командному рядку APP_PROJ або LIB_PROJ як сигнал, щоб очистити інші * налаштування _PROJ також непередбачений там. (Потрібно GNU Make ,. збірок з ВС роблять продовжувати працювати, як і колись)
• Поставка більше цілей у підкаталогах :. * _f (З використанням локальних плоских мейкфайли, вироблені на вимогу, ігноруючи залежності від інших частин дерева) * _fd (обгортання верхнього рівня Makefile.flat), clean_sources і purge_sources
• Налагодження та його зручність Сценарії (компілятори / Unix / * ш.)
• Примітно новий прапор --without-3psw -. Не застосовувати з будь-яким програмним забезпеченням 3-учасник
• Додана перевірка для GLEW.
• Поліпшення перевірки для розгону і OpenGL.
• Підтримка вказавши покази шляху на Дарвін (Mac) систем з сучасними компілюють інструменти.
• BLAST:
• В Darwin (Mac OS X), побудувати тільки для процесорів Intel навіть в іншому випадку універсальна будує через PowerPC ToolChain обмеження.
• Додана підтримка для вилучення NCBI Систематика ідентифікатори, для яких підтримка WindowMasker доступний.
• Дозволити специфікацію послідовності запитів поряд з декількох файлів вирівнювання послідовностей в psiblast.
• Додана база даних на жорсткому маскування підтримку.
• Додана база даних м'який маскують переведених пошуку.
• Додана підтримка btop (BLAST Зворотне простежування операцій) та запиту і довжини об'єкта в табличному звіті.
• додатки командного рядка - дозволяє psiblast шукати декілька запитів, додав додатковий -input_type для makeblastdb
• Дозволити використання кращий хіт і XML в режимі blast2sequences.
• Покращена форматування продуктивність для віддалених запитів.
• makembindex тепер можуть побудувати в масці індекс Megablast безпосередньо з бази даних BLAST нуклеотидной за допомогою маскування інформації, що зберігається в базі даних BLAST. Це досягається за рахунок нової опції командного рядка -db_mask в makembindex. Опція приймає цілочисельний ідентифікатор алгоритму фільтрації, підтримуваних базою даних BLAST. Опція може бути застосована тільки в поєднанні з -iformat blastdb.
• Щоб допомогти користувачеві в пошуку, цифрові ідентифікатори алгоритмів фільтрації, підтримуваних базою даних BLAST, прапор -show_filters вводиться. Застосовуючи прапор з -iformat blastdb і BLAST бази даних, а вхід викликає makembindex для виведення списку доступних алгоритмів фільтрації і виходу.
• Програми NetCache:
• NetCache перероблений, щоб включити в себе наступні можливості:
• поліпшене керування дискового простору;
• Блокування менш робота з краплями, версій використовується замість;
• багатоходової прослуховування і кожного клієнта налаштування диференціації.
• NetCache і ICACHE API:
• Використання Uint8 всюди за розміром BLOB.
• Дозволити часткове витяг BLOB.
• Введений захисту крапля пароль; порожні паролі розглядаються як без пароля.
• інтерфейси вузлів працівника:
• Новий параметр для припинення працівникові вузол, якщо його споживання пам'яті перевищує встановлену межу (параметр & Quot; total_memory_limit & Quot;)
.
• Новий параметр для припинення працівникові вузол, якщо його час роботи перевищує встановлену межу (параметр & Quot; total_time_limit & Quot;)
.
• грід-застосувань:
• netscheduled
• Виправлена ​​помилка, що не викликає ніякої відповіді на команду черзі видалення.
• remote_app
• Новий параметр конфігурації (і Quot; tmp_dir і Quot;). Щоб контролювати, як тимчасове ім'я каталогу формується - зменшити його довжину
• Ввійти блоб Помилка запису.
• netcache_control
• Дозволити часткове витяг BLOB.
• Нова команда -remove видалити плями від їх ідентифікаторів.
• Новий параметр -auth вказати рядок аутентифікації для використання.
• Нові команди -reconf і -reinit для використання NetCache адміністраторів.
• netschedule_control
• Режим Включено сумісність, щоб netschedule_control роботі з людьми похилого робочих вузлів.
• cgi2rcgi.cgi
• Не створюйте пусте NetCache краплю як заповнювач для повідомлення про хід роботи.
• помилки Ввійти сітки, про які повідомляється користувачеві.
• Дозволити прогалини в параметрі ID Вакансії.
• Підтримка виведення інформації про стан роботи у форматі JSON.
• Дозволити шаблони користувальницьких HTML повинні бути визначені помилки GRID та інших заходів.
• без додавання кеша HTTP заголовки, щоб уникнути кешування проміжних результатів.
• ncfetch.cgi
• Новий параметр для доступу, захищених паролем краплі.
• Інтерпретувати додатковий параметр & Quot; ім'я файлу & Quot; як ім'я файлу для завантаженого файлу.

Що нового у версії 31 грудня 2008:

• Цей реліз додає метод, щоб колонка конкретних обчислення pseudocounts в PSI-BLAST.
• Це refactors бібліотеку грід-сервісів.
• Це додає рамках модульного тестування та реєстрації помилок для всіх класів API файлу.
• Це встановлює PTHREAD підтримку на IRIX. Це підвищує підтримку XML серіалізациі.
• Це встановлює підтримку Sybase.
• Це додає підтримку для невеликих Таблиці для невеликих запитів.
• Це додає API, щоб отримати статистику навантажувач GenBank.
• Це асорті інших удосконалень, прискорень і виправлень помилок.