relax

розслабити є відкритим вільно поширюваними програмний проект джерела і який був призначений для вивчення молекулярної динаміки на основі аналізу експериментальних даних ЯМР, підтримуючи органічні молекули, РНК, білки, цукру, ДНК і багато інших біомолекули.

розслабити підтримує кілька теорій ЯМР, реалізує різні інструменти аналізу даних в якості модульних компонентів, і він може взаємодіяти з іншими програмами, такими як Даша і Modelfree. Крім того, вона підтримує широкий спектр теорій ЯМР, включає в себе кілька інструментів аналізу даних, дозволяє користувачам візуалізувати дані, а також взаємодіяти з іншими програмами.

Незважаючи на те, що додаток поставляється як з CLI (інтерфейс командного рядка) і GUI (графічний інтерфейс користувача) передній кінець, кілька сторонніх графічних користувальницьких інтерфейсів (GUI) існують для відпочинку.

Серед підтримуваних типів аналізів, розслабитися може обробляти дисперсію релаксації, послідовність випробувань ЯМР множинного поля (ядерний магнітний резонанс) дані релаксації, N-модель станів і порядок кадрів, безмодельного аналіз, R1 і R2, НЕ, RSDM (Reduced відображенні спектра щільності), а також стереохимии досліджень.

Для того, щоб автоматизувати процес аналізу даних, можна створювати дуже складні сценарії, використовуючи будівельні блоки. Для цього, розробники надають різні приклади сценаріїв, які допоможуть вам зрозуміти побудову сценаріїв і легше створювати свої власні.

Дивлячись під капотом, ми можемо помітити, що програма повністю написана на мові програмування Python і використовує крос-платформену Qt GUI інструментарій для графічного призначеного для користувача інтерфейсу, що означає, що він працює на Linux, Microsoft Windows і Mac OS X операційні системи.

Додаток доступний для завантаження у вигляді довічних архівів для багатьох операційних GNU / Linux систем, що підтримують 32-розрядний (x86) і 64-розрядних (x86_64) набір інструкцій, а також архів з вихідними кодами.

Що нового в цьому випуску:

• Особливості:
• Безліч поліпшень для компіляції HTML версії розслабити керівництва.
• Оновлений відпочити, щоб усунути всі FutureWarnings від NumPy & ге; 1.9, до вимог завтрашнього дня відпочити від майбутніх змін в поведінці NumPy.
• Можливість обробляти реплицироваться R2, ​​EFF точок даних за допомогою relax_disp.r2eff_read функції користувача, але з додаванням 0,001 до значення частоти для реплікованих точки.
• Новий приклад сценарію для завантаження файлу безмодельного результати і назад-обчислення даних релаксації.
• Покращення для обробки PDB структурних даних.
• Здійснення функції користувача structure.pca для виконання принципу аналізів компонент (PCA) ансамблю структур.
• Додавання сценарію для швидкого розгортання на інфраструктурі Google Cloud Computing.
• Зміни:
• Виправлення для жорсткої рами моделі близько 2-го ступеня матриці порядку кадрів в керівництві. Неправильний символ використовувався.
• Вилучені newparagraph і newsubparagraph визначення з керівництва латексом. Вони були причиною конфліктів з LaTeX2HTML, запобігаючи HTML версію керівництва від складання. Ці визначення не є необхідними для установки струму до цього секціонування в керівництві.
• Модифікована короткі заголовки в нових моделях рама чолі керівництва. Рунической A> Z характер був замінений просто 'Daeg'. Це пов'язано з несумісністю з latex2html який запобігає HTML керівництво від компілюється.
• Видалення визначення фіксованої ширини стовпця таблиці з латексного ручної преамбули. Це необхідно, як пробивається визначення latex2html сумісності, що призводить до корупції в нумерації фігури, в результаті чого зображення в HTML, щоб бути по суті випадковим чином.
• Видалення пакета акцентів щоб дозволити HTML керівництво для компіляції. Пакет акцентів LaTeX не сумісний з latex2html, так що простіше виправити це усунути пакет.
• Вручну повертати рамку матриці порядку елемент EPS вручну цифри, для latex2html сумісності. Командування '90 'Rotate був вилучений і обмежує прямокутник переставляються як B C D - & GT; б -з d -a. Це дозволяє кут аргумент в includegraphics {} команду бути відкинуто, оскільки latex2html не визнає цього. Це дозволяє цифри, щоб бути видимими в HTML-версії керівництва.
• Редизайн порядку кадру параметрів таблиці вкладеності в керівництві для latex2html сумісності. Таблиця використовує пакет tikz, який є фатальним для LaTeX2HTML, навіть якщо вони не використовуються. Тому таблиця в Документах / латекс / frame_order / файл parameter_nesting.tex був перетворений в самостійний LaTeX документ для створення обрізаної версії припискою в tikz відформатований таблиці. Компіляція скрипт був доданий також. Отриманий файл * .ps тепер входить в чисельне інтегрування секції PCS, а не цього розділу Створення таблиці tikz. Весь текст tikz преамбули був видалений, щоб дозволити latex2html працювати.
• Обхід latex2html не в змозі обробляти пакет allrunes або пов'язаний шрифт. У преамбулі htmlonly середовища символи порядку кадру перевизначені за допомогою тексту 'Daeg' замість рунічний символ A> Z.
• Виправлені помилки підрозділами і надиндекса У керівництві. Це вводить {} навколо всіх підгрупах і верхнього індексу textrm {} примірників. Це не потрібно для PDF версії керівництва, оскільки відсутня проблема кронштейн уникали, але він впливає на HTML версію керівництва, складеного LaTeX2HTML, що вимагає правильного позначення. Виправлення призначені для обох нового глави порядку кадрів, а також дисперсії релаксації глави.
• Редагування і виправлення для відпочинку 4.0.0 частина файлу ЗМІН.

<Літій> Оновлений і покращений інструкції вики в контрольному списку документа розслабити реліз.
• Ще одна інструкція вікі про перевірку мертвих посилань в реліз контрольного списку документа.
• Більш незначні зміни в розділі "Оголошення" на випуск контрольного списку документа.
• Оновлений скрипт для пошуку дубльованих назв в латексі файлах інструкції.
• перетворив дублікат ПТС знайти скрипт в сценарій Python. Сценарій Python є набагато більш просунутий і використовує іншу логіку для створення таблиці тиражованих назв і їх підрахунку. Сценарій також повертає статус не вдалося вийти, коли існують дублюючі.
• Старовинна реплицироваться назву знайти сценарій Python використовувати структуру класів. Це дозволяє сценарієм імпортувати як модуль. Повторності знахідка була зрушена в знайти) метод (клас.
• Перейменовано назву реплицировать знайти сценарій.
• Прибрана дублікат тайтла LaTeX знайти скрипт. Це в даний час опрацьовуються набагато більш просунутий сценарій Python.

<Літій> The Scons компіляція PDF і HTML посібників тепер перевіряє реплицироваться назв. Нова мішень replicate_title_check була додана до сценаріїв Scons. Це викликає метод Find () про повторність LaTeX назву ознайомчої сценарію, щоб визначити, які назви дублюються, і якщо так SCons цільової повертається з sys.exit (1) виклику. Ця мета встановлюється на початку user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch Scons цілей. Результатом є те, що керівництво не може бути зібраний при наявності повторних заголовків, змушуючи заголовки повинні бути змінені. Результатом стане те, що HTML-сторінки все будуть унікальні, оскільки тиражованих назв призводить тільки один HTML сторінка створюється для всіх розділів.
• Усунення тиражованих назв в джерелах LaTeX, що нові глави порядку рамки введені.
• Видалення старого реплицироваться назви в джерелах LaTeX для керівництва. Ця назва «модель-аналіз», який використовується для всієї глави конкретного аналізу, а також для аналізу секції безмодельного з значень, градієнти і гессенці для оптимізації глави.
• Виправлення і поліпшення роздруківок для replicate_title_check Scons мети.

<Літій> Оновлений все розслабитися для захисту від майбутніх змін, що відбуваються в пакеті NumPy Python. З Numpy версії 1.9, то FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: порівняння з `None` призведе до порівняння об'єкта поелементного в майбутньому. видно в великий відсоток всіх розслабити-х призначених для користувача функцій. Це спіймані і перетворився в RelaxWarning з тим же повідомленням. Питання полягає в тому, що поведінка операторів порівняння == та! = Зміниться з майбутніми версіями Numpy. Вони були замінені і не є на протязі всього відпочинку коду бази. Зміни також були внесені в minfx і bmrblib пакетів, щоб відповідати.
• Більш майбутня захист від Numpy змін. FutureWarning є `rank` застаріла; використовуйте `ndim` атрибут або функцію замість. Щоб знайти ранг матриці см `numpy.linalg.matrix_rank`. Таким чином, N-стан метод моделі цільова функція paramag_info () був поновлений на використання .ndim атрибут і триваліше використання numpy.rank () функцію.
• Створено тест системи Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Це зроблено для того, щоб зловити помилка # 23933, то "NameError: не визначено глобальне ім'я" іди "проблеми при завантаженні даних релаксації. Скорочений варіант PDB файлів даних і релаксації, повні версії яких додаються до звіту про помилку, що складається тільки із залишків 329, 330 і 331, які були додані в тестовий набір загальних каталогів даних, і тестова система записується зловити NameError.
• Оновлений тест системи Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids, щоб зловити RelaxMultiSpinIDError. Це дозволяє тестова система проходити, як RelaxMultiSpinIDError очікується.
• Оновлені minfx і bmrblib версії в реліз контрольного переліку документів для 1.0.12 і 1.0.4. Це, щоб видалити Numpy повідомлення FutureWarning про == None і =! Відсутня порівняння з Numpy структур даних, які в майбутньому будуть зміни в поведінці.
• Збільшена ДПА! новина секціонування глибину в реліз контрольного списку документа.
• Розширений опис функції sequence.attach_protons користувача. Це випливає з http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Додані вихідні дані для тестування даних від Paul Schanda. Це продемонструє, що існує кілька можливостей щодо підвищення R2, ​​метод еф точки.
• долучення тест системи Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Це дозволить зловити значень кредитування NAN.
• Зроблено додаткову перевірку в читанні послідовності, що значення нан пропускаються.
• Переконавшись, що копіюються 4000 Гц точка для експерименту на 950 МГц є перезапишеться.
• У тестовій системі Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, доданий тест підрахунку R2, EFF значення. Це показує, що реплицировать R2, еф при 950 МГц / 4000 Гц точки затирається. Рішення може бути, щоб змінити частоту дисперсії дуже мало, щоб дозволити додавання точки даних.
• Додані додаткові тести для Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Це покаже, що розмножується R2, ​​еф значення не обробляються добре.
• У функції r2eff_read в модулі даних дисперсії, додані можливості для читання R2, ​​EFF значення, які повторені. Це робиться перша перевірка, якщо ключ дисперсія існує в R2, еф словника. Якщо він існує, як і раніше додають від 0,001 до частоти, поки нова можливість не існує. Це повинно допомогти обробляти кілька R2, EFF точок, у вигляді окремих значень і не приймаючи будь-яке рішення усереднити їх.
• Додана очікування піднімаючи розслабити помилку, якщо намагається побудувати і ніякої інформації модель не зберігається.
• Підвищення помилки при побудові кривих дисперсії, і жодна модель не буде збережена.
• Змінив приклад сценарію для аналізу даних.
• Розширений тест системи Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 включити автоматичний аналіз і кластерні припадки. Це повинно показати, що аналіз тепер можливо.
• долучення тимчасовий стан і скрипт для настройки графічного інтерфейсу користувача до даних Paul Schanda.
• долучення тест Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Це покаже, що завантаження стану створить проблему. Traceback (самий останній виклик останнього): TypeError :. Int () аргумент повинен бути рядком або числом, а не 'NoneType'
• долучення приклад сценарію для даних релаксації дублюючих обчислення з безмодельного файлу результатів. Це корисно, коли файл результатів не остаточна модель, так як ці результати файлу не містять резервні дані розраховані. Це у відповідь на Христини Моллера запиту підтримки # 3303.
• Використання lib.float.isNaN Гері () замість math.isnan (), щоб мати зворотну сумісність з Python 2.5.
• Виправлена ​​орфографічна помилка і документування нового поведінки relax_disp.r2eff_read, при читанні R2, EFF точки з тією ж частотою. Якщо спін-контейнер вже містить R2, EFF значення з 'частотою CPMG імпульсу »або« спін-блокування напруженості поля', частота змінюватиметься в нескінченно малої малою величиною ± 0,001 Гц. Це дозволить дублікатів або більше одного і того ж частоти.

<Літій> Модифікований внутрішній структурний об'єкт, який буде менше залежить від формату PDB. Серійний номер PDB тепер розумно обробляється, в тому, що він скидається в 1, коли створюється нова модель. Ця інформація, як і раніше зберігається для підтримки логіки читання Conect записів, і будуть усунені в майбутньому. Інформація ланцюга ID тепер більше не зберігаються у внутрішній структурний об'єкта, так як ця інформація відтворений функції користувача structure.write_pdb на основі того, як був створений внутрішній структурний об'єкт.
• Оновлення тестових класів Ноя та Структура системи для внутрішніх змін структурних об'єктів. Тепер Серійний номер не може бути скинутий, і інформація ланцюг ID більше не зберігається.
• долучення файл тестового набору спільно використовуваних даних, щоб допомогти здійснити структурний аналіз PCA. Це N-домен Кулачок-IQ комплекс, який використовується в аналізі порядку кадру. Це перші 5 структури з виклику функції користувача frame_order.distribute, з різними жорсткими тел об'єднані разом в одну молекулу.
• створення облікового запису користувача structure.pca кінець функції передньої панелі. Це в даний час за зразком structure.rmsd користувальницької функції бази.
• Базова реалізація користувача structure.pca функції задньої частини. Це функція новий PCA () модуля pipe_control.structure.main. Він просто виконує деякі перевірки, збирає атомні координати, і передає управління функції розслабити бібліотека pca_analysis () в даний час нереалізованих модуля lib.structure.pca.
• Частковий реалізований на РСА-аналізу в бібліотеці розслабитися. Це для нової функції користувача structure.pca. Модуль lib.structure.pca був створений, і функцію pca_analysis (), створений для обчислення матриці коваріації структури, за допомогою функції calc_covariance_matrix (), а потім обчислити власні значення і власні вектори матриці коваріації, сортуючи їх і усічення до бажану кількість режимів PCA.
• Додані аргументи алгоритму і num_modes функції користувача structure.pca. Вони пройшли весь шлях в бібліотеці розслабитися бекенда.
• Реалізовано алгоритм SVD для аналізу PCA в бібліотеці розслабитися. Це просто викликає numpy.linalg.svd ().
• Аналіз PCA в бібліотеці відпочинку в даний час розраховує за структуру проекції вздовж ПК.
• Функція аналізу PCA в бібліотеці відпочинку тепер повертає дані. Це включає в себе значення PCA і вектори, а за структуру проекції.
• Значення і вектори PCA, і в структурі проекції тепер зберігаються. Це в функції внутрішнього інтерфейсу користувача structure.pca в модулі pipe_control.structure.main.
• долучення формат і Діра аргументи функції користувача structure.pca. Це на передній і задній частині закінчується.
• модифікували assemble_structural_coordinates () метод повертати більше інформації. Це з модуля pipe_control.structure.main. Списки логічний аргумент тепер прийнято, яке викликатиме функцію додатково повертати список ВД об'єкта на молекулу, список номер моделі на одну молекулу, і молекула список імен на одну молекулу.
• Функція користувача structure.pca тепер створює графіки проекцій ПК. Це включає в себе PC1 проти PC2, PC2 проти PC3 і т.д.
• Додані результати Gromacs PCA для файлу distribution.pdb. Це включає в себе сценарій, який використовується для виконання всіх частин Gromacs і всі вихідні файли.
• Оновлення результати Gromacs PCA для останньої версії 5.1.1 Gromacs.
• Створено початковий тест системи Structure.test_pca. Це виконує нову призначену для користувача функцію structure.pca, і перевіряє, чи є дані зберігаються в cdp.structure.
• Поліпшення графіки в інтерфейсі функції користувача structure.pca. Графіки тепер згруповані таким чином, що різні моделі однієї і тієї ж структури в тій же трубі даних знаходяться в межах одного набору графів. Заголовка графіка також була покращена.
• Розширена тестова система перевірки Structure.test_pca порівняти зі значеннями від Gromacs.
• середньозважене структура тепер може бути обчислена. Це для функції calc_mean_structure () з бібліотеки модулів розслабити lib.structure.statistics. Маси тепер можуть бути поставлені для кожної структури, щоб забезпечити середнє зважене розрахувати і повертається.
• Додана підтримка структур спостерігача в функції користувача structure.pca. Це дозволяє підмножина структур, які використовуються в аналізі ПК, щоб мати нульову вагу таким чином, щоб ці структури можуть бути використані для цілей порівняння. У obs_pipes, obs_models і obs_molecules аргументи, які були додані до користувальницької функції переднього кінця. Бекенда використовує це, щоб створити масив ваг для кожної структури. І функції lib.structure.pca використовувати нульові ваги для видалення структури спостерігачів з розрахунків в режимі ПК.
• Створено тест системи Structure.test_pca_observers. Це для тестування нових структур спостерігача поняття функції користувача structure.pca.
• Поліпшення роздруківки даних з бібліотеки розслабити принцип компонентного аналізу. Це в функції pca_analysis () модуля lib.structure.pca.
• Виправлення і поліпшення для графіків, отриманих за допомогою функції користувача structure.pca. Різні набори тепер правильно створені, і тепер позначені на графіках.
• Додавання сценарію тестування Deploy, для швидкого розгортання на Google Cloud Computing. Це для передбачуваного встановити в Ubuntu 14.04 LTS.
• Розширення скрипт для установки.
• Введення установки в функції в сценарії розгортання.
• Нарізка розгорнути скрипт на кілька невеликих функцій.
• Додавання заяви перевірки, щоб встановити скрипт.
• При пошуку сценаріїв, деякі функції можуть бути виконані натомість.
• Додані прогалини для установки скрипта для поліпшення друку.
• Додавання підручник сценарій.
• Додавання 2 підручника сценаріїв.
• Виправлена ​​невелика помилка спина ID в підручнику сценарій.
• Створена тестова система для лову помилка # 24131, провал експорту BMRB коли об'єкт SpinContainer не має атрибута S2, як повідомляє Мартін Ballaschk.
• Модифікований тест системи Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition для перевірки RelaxError. Результати випробувань в RelaxError, так як файл результатів не містить обраних закрутки.
• долучення тест системи Mf.test_bug_24131_missing_interaction, щоб зловити ще одну проблему. Це частина яких перевищують # 24131, провал експорту BMRB з об'єктом SpinContainer, які не мають ніякого значення S2. Однак попереднє виправлення пропуску дезактівіруете закрутки представила нову проблему розслабитися досі в пошуках міжатомних взаємодій для цього вимкненого спина.
• Bugfixes:
• реплицироваться заголовки в HTML-версії керівництва, розслабитися і, отже, реплицируются імена файлів HTML стираючи попередніх розділів, були усунені.
• Виправлена ​​помилка # 23933, в "NameError: глобальне ім'я" іди "не визначений" проблеми при завантаженні даних релаксації. Помилка була введена ще в листопаді 2014 року, і з-за деякого неповного коду обробки помилок. Проблема полягає в тому, що тип спин, що дані релаксації належить (@N проти @H) не зазначалася. Тепер правильно RelaxMultiSpinIDError піднята. Мінлива іди не існувало. - Це був код, який планувалося додати, але не було і було забуте
• Виправлена ​​помилка КСА постійного рівняння в безмодельного чолі керівництва. Це був помічений Христина Моллера і повідомив про розслабити списку розсилки.
• Виправлена ​​помилка для зберігання XML-структурного об'єкта в державних і файлів результатів. Раніше будь-які об'єкти, додані до cdp.structure (або будь-який об'єкт, структура) збережено не буде за допомогою методу структурного об'єкта to_xml (), якщо ця функція не явно змінений, щоб зберегти цей об'єкт. Тепер всі об'єкти, присутні будуть перетворені в XML.
• Виправлена ​​помилка для аналізу дисперсії релаксації в графічному інтерфейсі, а спійманого за допомогою тесту Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 графічного інтерфейсу користувача. При завантаженні зі стану файлу сценарію, значення None може бути присутнім. Це в даний час встановлюються на стандартні значення.
• Виправлена ​​помилка, при працюючому розслабити на сервері без графічного дисплея і за допомогою Matplotlib. Помилка була виявлена ​​за допомогою тесту системи Relax_disp.test_repeat_cpmg. І помилка генерується було: QXcbConnection: Неможливо підключитися, щоб відобразити. Перервано (ядро скидали). Бекенда з Matplotlib повинен бути змінений. Це, наприклад, описано в: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display і http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Модифікована поведінку bmrb.write функції користувача бекенда для аналізу безмодельного (виправлення для помилки # 24131). Це в методі bmrb_write () моделі вільних API аналізу. Дезактівіруете закрутки тепер пропускається, і перевірка була додана, щоб бути впевненим, що спина дані були зібрані.
• Інша виправлення помилки # 24131, провал експорту BMRB коли об'єкт SpinContainer не має атрибута S2. Тепер ніякі дані не зберігаються в файлі BMRB, якщо безмодельний модель не була створена для спина. Це дозволяє тестовий пакет для передачі.
• Виправлена ​​помилка, щоб тестова система Mf.test_bug_24131_missing_interaction пройти. Це частина яких перевищують # 24131, провал експорту BMRB з об'єктом SpinContainer, які не мають ніякого значення S2. Проблема полягала в тому при складанні даних тензора дифузії. Функція spin_loop () викликався, як тензор дифузії повідомляється для всіх залишків. Тому skip_desel = True, була додана, щоб відповідати безмодельного частина.

Що нового у версії 4.0.0:

• Особливості:
• Остаточний, повне і правильне застосування теорії порядку кадрів для вивчення жорстких рухів тіла. Це в даний час для аналізу RDC і PCS дані з внутрішньо збудованими системами.
• Зміни:
• Видалення функції користувача frame_order.average_position і всі пов'язані з цим бекенда коду. Ця функція користувача дозволяє користувачеві вказати п'ять різних типів зміщення в середнє положення рухомого домену: чисте обертання, без перекладу, навколо осі руху в системі; обертання навколо осі руху системи разом з перекладом; чистий переклад, без обертання; обертання навколо центру мас рухається домену без перекладу; обертання навколо центру мас рухається домену разом з перекладом. Тепер останній варіант буде за замовчуванням, і єдиним варіантом. Цей параметр еквівалентний стандартному алгоритму накладення (сам алгоритм Kabsch) до гіпотетичної структурі в реальному середньому положенні. Решта чотири пов'язані з історією розвитку теорії. Вони обмежують корисність теорії і тільки викличе плутанину.
• Очищення коду цільової функції порядку кадру. Це відповідає попереднє зміна видалення функції користувача frame_order.average_position. Зміни включають в себе видалення прапора оптимізації перекладу, оскільки тепер це виконується завжди, і видалення прапора, який викликає середня точка обертання домену повороту, щоб відповідати руховий точки повороту, як вони тепер постійно розв'язані.
• Алфавітний порядок функцій в модулі lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• Усунуто всі моделі 'лінії' порядку кадрів, так як вони ще не реалізовані. Це просто код зовнішнього інтерфейсу -. Бекенд не існує
• Оновлений ізотропний конус СаМ оптимізації тестовий замовлення рама модель сценарію. Через не всі зміни в аналізі порядку кадрів, старий сценарій був більше не працює.
• Створений сценарій для моделей тестування порядку CaM кадрів для знаходження середньої позиції домену. У міру того як обертання навколо нерухомої осі була усунена, перехід від 1J7P_1st_NH_rot.pdb до 1J7P_1st_NH.pdb повинен бути перетворений в поступального і обертального руху навколо обикн. Цей скрипт буде використовуватися для заміни функція обертання кути Ейлера з вектора зсуву та СOM обертання кутів Ейлера. Однак structure.superimpose функції користувач повинен бути змінений, щоб обробляти як стандартні центроид накладання, а також обикн накладенню.
• Оновлений тестовий порядок моделі накладання скрипт CaM кадрів. Structure.superimpose призначена для користувача функція тепер коректно називається. Вихідний файл журналу був доданий в сховище, оскільки він містить правильний переклад та інформацію обертання Ейлера, необхідні для випробування моделей.
• Оновлення параметрів для ізотропного конуса СаМ оптимізації Порядок тестування кадрів модель сценарію. Кути Ейлера для обертання навколо осі повороту рухової були замінені параметрами обертання CoM вектор зсуву і кута Ейлера.
• Виправлення для ряду моделей порядку кадрів, які не мають обмежень параметрів. Функція linear_constraint () повертав A, B = [], [] для цих моделей, але ці порожні Numpy масиви викликали бібліотека minfx потерпіти невдачу. Ці значення тепер спіймані і алгоритм обмеження вимкнений в мінімізації () конкретного методу API.
• Підвищення точності всіх даних в Кулачок кадру тестовий порядок формування даних базового сценарію. Вони всі були перетворені з float16 до float64 Numpy типів.
• Виправлена ​​помилка установки помилки RDC в Кулачок кадру тестовий порядок формування даних базового сценарію. Структура rdc_err дані розташовані в міжатомних контейнери даних, в даний час немає спінові контейнери.
• Модифікація структури навантаження частини Кулачок кадру базової генерації даних для того сценарію. Структури тепер завантажується тільки якщо прапор DIST_PDB встановлено, так як вони використовуються тільки для генерації розподілу 3D структур. Це економить багато часу і пам'яті комп'ютера.
• Величезний прискорення Кулачок кадру базової генерації тестових даних для того сценарію. При використанні багатовимірних масивів Numpy для зберігання атомних позицій і одиничних векторів XH всіх спинив, і виконання поворотів на цих структурах за допомогою numpy.tensordot (), розрахунки в даний час в 10 разів швидше. Індикатор прогресу повинен був бути змінений, щоб показати кожну 1000, а не 100 ітерацій. Обертання позицій і векторів тепер виконуються послідовно, випадково виправлення помилки з моделями подвійного руху (тобто моделі «подвійний ротор»).
• Змінено тестовий порядок формування даних базового сценарію CaM кадрів для економії оперативної пам'яті комп'ютера. Вектор XH і атомні структури положення даних для всіх N обертань тепер від numpy.float32, а не типу numpy.float64. Основна зміна полягає в обчисленні усереднених RDCs і усереднені PCSS окремо, виключивши N-розмірних структур даних після того, як файли даних записуються.
• Повна реконструкція Кулачок кадру базового сценарію формування даних для того, щоб швидкість і пам'ять економії. Незважаючи на те, повернений вектор XH зв'язок і атомний код позиція була дуже швидко, обсяг пам'яті, необхідний для зберігання їх в спінових контейнерах і міжатомні контейнери даних була величезною, коли N & GT; 1E6. Наступні виклики функції rdc.back_calc і користувач pcs.back_calc також займе дуже багато часу. Тому базовий сценарій був перероблений. Метод _create_distribution () був розділений на чотири частини: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution () і _pipe_setup (). Метод _pipe_setup () викликається настроїти трубу даних з усіма необхідними даними. Тоді _calculate_rdc () і _calculate_pcs () методи, і, нарешті, _create_distribution (), якщо прапор DIST_PDB встановлено. Виклики для користувача функцій rdc.back_calc і pcs.back_calc були усунені. Замість цього _calculate_rdc () і _calculate_pcs () методи розрахунку усередненої RDC і PCS себе як Numpy структури масиву. Замість того, щоб зберігати величезні повернені вектори і позиції атомів структури даних, ЦДІ і PCSS підсумовуються. Потім вони розділені self.N в кінці, щоб середні значення. У порівнянні зі старим кодом, коли N встановлюється до 20 мільйонів використання оперативної пам'яті падає з ~ 20 ГБ до ~ 65 МБ. Загальний час роботи також зменшується на одну систему від декількох днів до декількох годин (на порядок або два величини).
• Змінено оновлення індикатора виконання для Кулачок кадру тестовий порядок формування даних базового сценарію. Вертушка був занадто швидким, оновлення кожні 5 збільшення, і в даний час оновлюється кожен 250. А загальне число тепер друкується тільки кожні 10000 збільшень.
• Покращення індикатор ходу для Кулачок кадру базової генерації тестових даних для того сценарію. Коми тепер друкуються у тисячах і цифри тепер вирівнюється по правому краю.
• Значне збільшення в точності RDC і PCS усереднення. Це для Кулачок кадру базової генерації тестових даних для того сценарію. Підсумовуючи RDCs і PCSS в поточному 1D numpy.float128 масивів (для цього потрібно 64-розрядний), а потім ділення на N в кінці, середнє значення може бути обчислено з набагато більш високою точністю. Оскільки N стає більше, чисельне усереднення вводить великі і великі обсяги усічених артефактів. Таким чином, ця зміна усуває це.
• Виправлення для RDC і PCS усереднені в Кулачок кадрів тест порядку формування даних базового сценарію. Для моделі подвійного ротора або будь-кратної моделі рухової режиму, усереднення було невірним. Замість того, щоб ділення на N, значення повинні бути розділені на N ^ М, де М число руховими режимів.
• Величезний збільшення точності для даних випробувань моделі вільних ротора CaM порядку кадру. Чим вище точність, так як число структур в розподілі зараз двадцять мільйонів, а не один мільйон, а значно більше висока точність numpy.float128 усереднення базового сценарію оновлений генерації даних був використаний. Ці дані повинні дозволяти набагато кращу оцінку значень параметрів позиції бета і гамма середньому домену для вільних моделей ротора, які постраждали від розпаду параметра альфа до нуля.
• Величезний збільшення точності для даних випробувань модель подвійного ротора CaM порядку кадру. Чим вище точність, тому що кількість структур в розподілі в даний час понад двадцять мільйонів (4500 ^ 2), а не на чверть мільйона (500 ^ 2). І набагато більш висока точність numpy.float128 усереднення базового сценарію оновлення генерації даних використовується.

• Зміни:



• Bugfixes:

• Зміни:

Що нового у версії 3.3.4:

• Зміни:






































































• Bugfixes:

• Зміни:





















































• Bugfixes:

• Зміни:








































































































































• Bugfixes:

Що нового у версії 3.3.1:

• Зміни:












































































































































































































































• Bugfixes:

Що нового у версії 3.3.0:

• Зміни:

Що нового у версії 3.1.5:

• Зміни:




• Bugfixes:

• Зміни:
























• Bugfixes:

Що нового у версії 3.1.3:

• Зміни:

Що нового у версії 3.1.2:

• Зміни:













• Bugfixes:

Що нового у версії 3.1.1:

• Зміни:

• Зміни:


































































- & GT;

Що нового у версії 3.0.2:

• Зміни:























































• Bugfixes:

Що нового у версії 3.0.1:

• Зміни:







































































































• Bugfixes:

• Зміни:





























































































































































































































































































































• Bugfixes:

• Зміни:










































• Bugfixes:

• Зміни:

• Зміни:














































































































































• Bugfixes:

• Зміни:


























• Bugfixes:

• Зміни:









• Bugfixes:

• Зміни:




















































































































• Bugfixes:

• Зміни:

Що нового у версії 2.1.1:

• Зміни:


















































































































































• Bugfixes:

Що нового у версії 2.1.0:

• Зміни:




































































































































• Bugfixes:

Що нового у версії 2.0.0:

• Зміни:

• Зміни:


• Bugfixes:

Що нового у версії 1.3.9:

Вимоги