SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter є графічний інструмент Python в інтерактивному сегмент зображення стеки клітин в тканини з крайовими-лейблів і NBSP (AKA White обриси.) ;. Взаємодія повністю засновані на редагування насіння, які в свою чергу збільшився на вододілі Алгоритм. Основна відмінність між СР та інших інструментів, які можна розмістити понад одного насіння на клітинку, яка допоможе вам налаштувати кордону складних клітин.
SWS побудований на вершині WxPython, Matplotlib, NumPy, SciPy і mahotas.
За своєю суттю, він використовує блискавичний алгоритму вододілу (завдяки проекту mahotas) і дозволяє в реальному часі оновлення. Вона має простий (якщо метушню) користувальницький інтерфейс і повністю інтерактивний, включаючи навіть 1 рівня скасування.
Публікації про SWS, що дає всі ці деталі і більше в цитометрії Частина A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Вихідний код відбивається на чотирьох сховищ і PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- BitBucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Сторінка Google Code також має деякі дистрибутиви (http://code.google.com/p/seedwater/), які повинні працювати на 32-бітної ОС Windows або 64-бітної Linux, але це вже старий. Будь ласка, використовуйте метод "easy_install" зараз.
Для більш детальної інформації див Python інструкцію з встановлення 20XX.txt Ви також можете прочитати керівництво: SeedWater сегментації V хх Manual.txt
Установка і запуск
Установка НАРЕШТІ легко!
Справді, тепер ви можете "easy_install SeedWaterSegmenter"
Коротка інструкція:
Windows / Mac:
І NBSP; Встановіть Enthought Python Розподіл http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
І NBSP; Судо APT-отримати установку пітона-Setuptools Python-wxtools пітон-NumPy пітона-SciPy пітон-Matplotlib пітон-зображень на Python xlrd пітон-xlwt
У CMD вікна (необхідно запустити як адміністратор під Windows Vista / 7) або термінал (Mac / Linux), запустіть:
і NBSP; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Докладні інструкції:
Остання версія називається:
"Python інструкцію з встановлення серпня 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python інструкцію з встановлення серпня 2012.txt

Вимоги

< LI> Python