STEME

Проект STEME почав своє життя як наближення алгоритму Очікування-Максимізація для типу моделі, використовуваної в мотиві шукачі, таких як мем.
STEME & Rsquo, S EM наближення працює на порядок швидше, ніж виконання мім типових налаштувань параметрів. STEME в даний час перетворився в повноцінний мотив Finder у своєму власному праві.
Навіщо використовувати STEME?
Перевірені методи мотив знаходячи
STEME заснована на перевіреною і перевірених алгоритму мем. MEME є одним з найбільш зрілих і популярний мотив шукачі. Це був один з кращих виконавців у Томпа та ін & Rsquo ;. З порівняння еталоном мотив шукачі.
Призначений для великих наборів даних
STEME призначений для використання від типу великих обсягів даних, як правило, генеруються сучасних біологічних експериментів. STEME був протестований на вході в десятки megabases, але немає ніякої причини, чому вона не повинна бути використана на великих наборів даних.
Швидко
STEME швидко. Зазвичай мотив шукачі мають виконання, який швидко зростає з розміром входу. У зв'язку з STEME & Rsquo; з використанням дерев суфіксів не страждає від цієї проблеми. STEME надає можливості для управління виконання, так що користувач керує тим, як довго вони готові чекати результатів.
Гнучкі моделі мотив
Багато мотив шукачі (особливо швидко перечислительного мотив шукачі) використовують консенсусні послідовності в якості моделей сайтів зв'язування. Це не настільки гнучкі, як ШІМ, що STEME використання і не може захопити той же самий діапазон мотивами, як ШІМ.
Простота у використанні
STEME виробляє висновок в мем і Rsquo, S добре відома формат робить його легко використовувати в подальших інструментів. STEME & Rsquo; вихід випробуваний з інструментами з мем, BioPython і BioPerl.
Точні розрахунки значущості
STEME & Rsquo, S розрахунки значущості розроблені з великими наборами даних у пам'яті. Мотив шукачі, що не були написані для великих наборів даних часто погано прораховуються значимість мотивів вони знаходять. Це особливо підступна проблема і важко користувачеві ідентифікувати.
Доступний як веб-служби
STEME може бути встановлений локально на вашому комп'ютері або може бути запущений через Інтернет на наших серверах.
Пакет документації

Вимоги

• Python