tigreBrowser

tigreBrowser є експресія генів модель браузера для результатів Tigre R пакета (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
<Сильний> Установка
tigreBrowser потрібно Python версії> = 2.5. tigreBrowser може бути встановлений за допомогою наступної команди:
пітон setup.py встановити
Для отримання більш детальної інформації про установку модулів пітона (наприклад, установка без прав суперкористувача тільки для поточного користувача), см http://docs.python.org/install/
<Сильний> Сервер Починаючи
Веб-сервер входить в tigreBrowser повинен бути запущений для того, щоб використовувати фактичний результат браузер.
Вам знадобиться файл бази даних, отриманих в Тигре R пакета (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Цей пакет містить тестовий файл бази даних "database.sqlite", який може бути використаний для тестування tigreBrowser. Тестова база даних була згенерована за допомогою інструкції та приклади даних, включених в Тигре пакета.
Виконати tigreServer.py почати графічний користувальницький інтерфейс сервера. Для того, щоб почати результату браузер, необхідно спочатку вибрати файл бази даних яких результати будуть показані. Це може бути досягнуто шляхом вибору "Відкрити файл бази даних" і вибравши файл бази даних. Файл бази даних не повинні мати права на запис. Сервер може бути запущений, натиснувши кнопку "Запустити сервер". При натисканні з'являється мітка нижче кнопок, щоб показати URL результуючого браузері.
Результат браузера тепер доступна в цій URL, використовуючи звичайний веб-браузер. Інструкція з використання браузера в наступному розділі цього посібника. Браузер доступний, поки сервер не зупинений за допомогою кнопки "Стоп" сервер.
tigreServer.py також може бути використаний з інтерфейсом командного рядка. Почніть скрипт з опцією --help '' для більш докладної інформації.
<Сильний> За допомогою браузера
Набір даних вибір
Вибір набору даних визначає, які результати будуть видні в результатах лістингу та в якому порядку. Експеримент Вибір набору використовується для вибору набору експериментів. Тільки результати цих експериментів буде показано в лістингу.
Далі у виборі набору даних є вибір фактора транскрипції (TF) або цільовий набір, залежно від того, чи встановлений результат браузеру Цільовий режим або регулятор рейтинг режиму ранжирування (див установку). У режимі цільової рейтингу, вибір TF доступний і результати лістинг містить результати для різних цілей з даною TF. У рейтингу регулятора режиму, мета набір вибирається і список покаже результати для різних регуляторів.
Як число результатів може бути високою, результати можуть бути розділені на кілька сторінок. "Кількість генів на сторінці" Вибір може бути використаний для регулювання кількості показали результати. Це може бути корисно, щоб зменшити кількість результатів, якщо при завантаженні сторінки повільно через величезної кількості зображень.
Нарешті, порядок, в якому результати показали можуть бути змінені з "Сортувати за" вибір. Результати будуть відсортовані за спаданням за даним критерієм.
Фільтрація
Результати можуть бути відфільтровані за різними критеріями. Можна, наприклад, показати тільки результати для генів, які мають Z-бал вище певного порогу.
Можна об'єднати декілька критеріїв при фільтрації. "[+]" Посилання можна використовувати, щоб додати ще один критерій. Критерій може бути аналогічним чином видалені за допомогою "[-]" посилання (не показано, коли є тільки один критерій). Коли кілька критеріїв використовуються, результат ген повинен відповідати всім критеріям, щоб бути показаною в перерахуванні.
Фільтрація активується за допомогою "Застосувати фільтри" прапорець.
Підкреслюючи
Якщо гени в базі даних містять додаткові дані, результати можуть бути виділені за допомогою цих даних. Доступні виділяючи варіанти показали з квітами, пов'язаних з цими опціями.
Підсвічування працює, показуючи кольорові коробки під назвами зонда в результаті лістингу генів, які мають додаткову інформацію, яка відповідає вибір.
Пошук
Можна результати даних генів пошук. Пошукові роботи, запровадивши кому список імен генів або зонда з полем пошуку. Генні псевдоніми також може бути використаний в якості входу пошуку.
Відображення результатів
Результати даного вибору набору даних, фільтрів, яскравих і пошук буде показано, коли "Відправити" кнопка натиснута. База даних буде запитаний для результатів, які відповідають даному вибір. Кнопка "Скидання" можна використовувати, щоб очистити всі текстові поля і вибір.
Результати список містить декілька стовпців. У першому стовпці Назва зонда відображається з GENENAME, пов'язаної з зондом. Поруч з назвою гена, є експресія генів фігура, якщо вона визначена в базі даних. Наступний стовпець містить фактичні результати генів. Також відображається будь-якої додаткової інформації тут. Експеримент цифри будуть відображатися поруч значень результату.
. І, нарешті, параметри експерименту, якщо встановлена ​​в базу даних, будуть відображатися в таблиці поруч із цифрами

Вимоги

• Python