GAMGI

GAMGI - це програмне забезпечення з відкритим вихідним кодом і повністю безкоштовним програмним забезпеченням, розроблене з нуля для використання для створення та аналізу атомних структур. Він має графічний інтерфейс користувача, простий, чистий, простий у використанні та потужний.

Програма підтримує широкий спектр атомних структур, таких як кристали, молекули, рідини та окуляри. Він також підтримує 230 кристалографічних просторових груп і може бути використаний для аналізу 3D-аналізу вороних і точкової симетрії.

GAMGI підтримує безліч типів об'єктів, зокрема Text, Orbital, Bond, Atom, Direction, Plane, Group, Molecule, Cluster, Cell, Arrow, Shape, Graph, Assembly, Light, Layer і Window. Крім того, програма забезпечує максимальний контроль над об'єктами низького рівня як атомами.

Серед інших особливостей можна відзначити здатність побудувати структури RCP (Random Close Packing), кристали для будь-якої простої групи симетрії, а також координаційні багатогранники та Вороної для випадкових структур. Він також може визначати будь-яку точкову групу симетрії.

Поставляється з повною документацією

Ще однією цікавою функцією є можливість виконувати дії в списку об'єктів або в одному об'єкті, який був раніше виділений. Він поставляється з комплексною документацією та атомними даними, включаючи ізотопні дані та іонний радіус. Крім того, програмне забезпечення може керувати величезною кількістю незалежних вікон, світильники, в той числі місця, спрямовані і позиційні, шари з різною обмеженою видимістю, referentials, видові або виступами, а також текстові шрифтами 3D, які можуть бути або погладили або екструдованими.
Його можна використовувати в школах та університетах

Додаток GAMGI також може використовуватися в школах та університетах для навчання атомної структури матерії. Це ідеальний інструмент для вчених, що працюють в атомистическом моделюванні, а також для тих, хто потребує додатку з відкритим вихідним кодом для вивчення атомних структур і підготовку зображень для своїх презентацій.

Що нове у цьому випуску:

• Оновлені довідкові файли & gt; файли конфігурації для об'єктів Light і Atom.
• Синхронізовані дерева gamgi-g та gamgi-x
• Оновлено gamgi_expat_import_object: імпортування даних об'єкта Cell в файли XML із новими правилами конфігурації має працювати нормально.
• Оновлено gamgi_expat_export_object: зараз експортує дані об'єктів Cell в файли XML із новими правилами конфігурації.
• У Cell- & gt; Створити та стільниковий-> Змінити, вектори походження та осей тепер автоматично оновлюються для параметрів за замовчуванням (звичайні або примітивні) при зміні моделі.
• замінені клітинки-> кордони = FALSE за стовпчими & gt; межами = GAMGI_PHYS_NONE, у движку, gtk, expat та медіа-код.
• Оновлено gamgi_expat_export_config: експорт даних стільникової конфігурації у файли XML тепер працює добре
• Оновлено gamgi_expat_import_config: імпорт даних клітинного конфігурації з XML-файлів працює зараз
• Покращено діалогове вікно «Створення стільниці» та «Конфігурація» для обробки значень за замовчуванням для моделі, границі, обличчя та вузлів.
• Редагований об'єкт-> Конфігураційні діалоги: тепер дані конфігурації розділені за даними за замовчуванням (на сторінках з такими самими іменами, як у Object-> Створити діалоги) та глобальні дані (застосовуються до всіх об'єктів, старих і new), на сторінці Global (останній) ноутбука. Діалоги, що зазнали впливу: Atom- & gt; Конфігурація, стільниковий & gt; Конфігурація, Light-> Конфігурація
• Впроваджений Cell-> Інструмент діалогу та інфраструктури. Тепер розмір ліній кордону клітинки, точок вузлів та векторних осей може бути встановлений у глобальному масштабі для всіх осередків GAMGI, що дуже потребує. Були встановлені значення за замовчуванням для користування кольором і осями комірок.
• Виправлено проблему в gamgi_gtk_bond_create: колір, встановлений у static_init, ігнорував попередні дані конфігурації.
• Виправлено проблему в gamgi_mesa_draw_pick та gamgi_mesa_draw_grab: Ширина точка візуалізації комірки була встановлена ​​як ширина рядка замість ширини точки.

Що нового в версії:

• Виправлена ​​помилка, щойно введена: після видалення контексту GL ми не можемо відновити візуальний вигляд GDK. Просто видалено цей код. Очевидно, GTK це робить, коли віджет знищений.
• Покращено gamgi_gtk_area.c, що використовується в версії X GAMGI, яка замінює бібліотеку GTKGLExt нашим власним кодом на основі GLX. Хав'єр Кабесас переніс цей код на GTK 3 і працює нормально! Назад перенесені зміни так, що відмінності між кодом GTK 2 і GTK 3 абсолютно мінімальні.
• Ми не можемо використовувати кольори r, g, b з-за осей a, b, c
• Покращено макет осей в діалогових вікнах Orbital-> Створити та орбітальну & gt; Модифікувати
• Змінено мітку мітки до сфери в Orbital-> Створити та орбітальну & gt; відповідно змінити та змінити інтерфейс довідки.
• Перевірено всі сторінки документації форматів довідки.
• Оновлена ​​довідкова документація для кластерних форматів.
• cluster-> масиви кольорів більше не закінчуються.
• Синхронізовані гілки gamgi і gamgi_exp
• У файлах XML, в елементах групи, змінено тип атрибута за посиланням.
• Оновлена ​​довідкова документація для форматів плоских і напрямних.
• Оновлена ​​довідкова документація для групових інтерфейсів та форматів.
• Оновлено товарний знак ЄС GAMGI до 2024 року.
• Оновлено вихідний код та ліцензію на документацію для GPL v3.
• Початок використання шаблону sha256sum до контрольної суми всіх файлів розповсюдження.
• Відновлено реєстрацію доменного імені gamgi.org до 2020 року.

Що нового у версії 0.17:

• Виправлена ​​помилка makefile (введена в gamgi0.15.6) в гілці GAMGI, яка не вимагає бібліотеки GtkGlExt: make_rules містять gtkglext залежностей, які не повинні бути там.
• Літаки, напрямки тепер можуть бути виділені проекційною мережею: Вульф або Шмідт.
• Синхронізований код, документи та файли даних між деревами розповсюдження gamgi і gamgi_exp.
• Перевірені дані / орбітальні XML-файли для оновлення атрибутів орбітальних осей.
• Перевірено всі файли dat / XML, щоб замінити тип атрибута міткою, в елементах атома.
• Перевірено всі файли dat / XML, щоб замінити тип атрибута за моделлю, у площині, напрямку, елементах комірки.
• З метою узгодженості, глобально замінено проектування назви мережею у напрямку та площині коду та елементів XML.
• Для забезпечення послідовності глобально замінений тип назви за моделлю у комірці, площині, коді напряму та елементах XML.
• Змінено тип мітки до моделі в комірці & gt; Створити та стільниковий-> Змінити.
• Змінено мітку "Спосіб введення в Bond- & gt; Створити.
• Оновлена ​​довідкова & gt; документація для форматів для об'єктів планування та напрямку XML.
<Літій> Оновлений Допомога- & GT; Інтерфейси документації по типу і проекції в плоско & GT; Створення, плоско & GT; зміна, напрямок & GT; Створення, напрямок & GT ;. Змінити
<Літій> Атомна температура Дебая-Уоллер тепер може приймати значення тільки в діапазоні від 0,0 (синього) і 100,0 (червоний), як це зазвичай буває в цьому аналізі.
• Оновлена ​​документація для інтерфейсів та форматів для об'єктів облігацій.
• Виправлено атомну температуру Дебая-Валеріра за замовчуванням: нове значення - 0,0, що відповідає атомам з відомим положенням.
• Оновлена ​​документація для форматів для об'єктів Atom і Cell.
• Довідка- & gt; Поточна та довідка-> Тема тепер може прочитати документацію для Orbital-> Змінити.
• Написав документацію для Orbital-> Змінити.
• Оновлена ​​документація для Orbital-> Створити.
• Орбітальні осі тепер обробляються набагато простішим способом, в Orbital- & GT; Створення, Orbital- & Гт. Modify і XML-файли у вихідному форматі
• Orbital-> Select тепер працює нормально для всіх параметрів, включаючи багато властивостей, які можна використовувати для вибору орбіталей.
• Небагато спрощені функції gamgi_gtk_select _ *. c.
• Виправлені два помилки в коді H орбіталі, введені в GAMGI 0.16.6: 1) терміни rho ** L (від многочленів Лагерра) та 1 / r ** L (від функцій Лежандра) скасовують один одного , крім постійної, якої бракує. 2) для розрахунку по замовчуванню радіуса відсутній термін rho ** L
• Списки літаків тепер можна вибрати за моделлю: багатокутник, поле, траса, вектор.
• Списки маршрутів тепер можна вибрати за моделлю: лінія, поле, траса.

Що нового у версії 0.16.8:

• У стереографічних прогнозах трохи підвищено z-висоту в полярних рисунках (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), тому вони завжди з'являються над слідами. Це виправляє візуальний збій, але також робить набагато простішим вибір полюсів зі слідами, оскільки кольори тепер чітко розділені.
• Синхронізовані гілки gamgi та gamgi_exp.
• Оновлено static_press в області Plane-> Modify and Direcyion-> Modify, тому ім'я об'єкта не буде перезаписано автоматичним назвою назви.
• Автоматичне змінення назви в Plane-> Modify and Direction-> Modify тепер добре працює для кристалографічних площин, директорій.
• Знайдено та вилучено помилку в Plane-> Створити та напрямку-> Створити: у деяких випадках ім'я об'єкта, позначене користувачем, було проігноровано.
• Знайдено та вилучено серйозну помилку в Plane- & gt; Створити та напрям-> Створити: після створення планів / напрямків за допомогою списків, раніше створеного за допомогою діалогового вікна «Список другого рівня», вони не були правильно скинуті. У деяких випадках це може призвести до аварії GAMGI.
• Знайдено та вилучено помилку в Plane-> Створити та напрямку-> Створити: Полюс та Trace не були створені одночасно, коли це потрібно, лише один раз кожного разу.
• Orbital-> Select зараз працює. Списки орбіталей можна скопіювати, пов'язати, виділяти, змінювати, видаляти, як і для інших об'єктів.
• Синхронізовані гілки gamgi та gamgi_exp.
• Fixed Cell-> Link: він працює (знову) добре для списків стільників, у об'єкті (зверху та знизу), режимах Crystal та Random.
• Знайдено і вилучено просту, але серйозну помилку: коли було відкрито декілька вікон і список активних об'єктів був активним і вибрано як поточний об'єкт, скидання (але не вихід) призведе до аварії Gamgi.

Служба
• Cell-> Link Random (RCP) не працювала: замінено старшим кодом. Cell-> Link вимагає більшої роботи.
• Скомпілювати знову з позначкою -O3.
• Виправлено серйозну помилку у всіх діалогових вікнах "Об'єкт-> Вибір" у регіоні Метод: коли прямокутник вибірки був не повністю всередині графічної області, деякі обрані кольори були б невизначеними, і GAMGI призвело до аварії при натисканні кнопки "ОК". Аварії було виявлено давно, але причина незрозуміла до цих пір.

Що нового у версії 0.16.7:

• Синхронізовані дерева даних gamgi / dat та gamgi_exp / dat.
• Синхронізовані дерева документації gamgi / doc та gamgi_exp / doc.
• Синхронізовані дерева кодів gamgi / src та gamgi_exp / src
• Виправлено помилки графічного інтерфейсу в Orbital-> Змінити.
• Фіксована орбітальна-> модифікована аварія: орбітальні точки повинні бути скинуті до 0.
• www.gamgi.org та ftp.gamgi.org тепер поставляються з VM, розміщеного в ІТ-центрі університету Лісабону. Сподіваємося, це означає більш надійні з'єднання та менше часу.
• Автоматичне змінення назви в Orbital-> Модифікувати зараз працює нормально.
• Автоматичне змінення назви в Atom-> Модифікувати зараз добре.
• Здійснено автоматичне змінення назви в Atom-> змінити.
• Здійснено автоматичне змінення назви в Orbital-> Змінити.
• Orbital-> Модифікувати зараз для одиночних орбіталей. Списки орбіталей повинні працювати в наступному випуску.
• Переклад, обертання, тепер добре працює для Orbital-> Змінити.
• static_apply for Orbital-> Modify в основному виконується.
• Заповнено static_grab для Orbital-> Змінити.
• Додано static_ok_global та static_ok_local для Orbital-> Змінити.
• Завершено static_press для Orbital-> Змінити.
• Поведінка GUI для Orbital-> Modify майже завершена.
• Початок роботи з Orbital-> Modify і Orbital-> Вибір.
• Оновлено gamgi_mesa_pick.c та gamgi_mesa_grab.c, щоб враховувати тверді уявлення про орбіталі.
• Виправлено невелику помилку в коді маса коду орбітальних осей.
• поліноми Лагерра мають коефіцієнт r ** L (L = кутовий квантовий номер), який точно збігається з фактором 1 / r ** L функцій Лежандра, тому математичні описи Н-орбіталей стають набагато простішими! Дякую Хосе Луїс Мартінс за те, що вказував на це! Для таких низьких щільностей ймовірностей (1Е-6) числові питання настільки чутливі, що орбітальні візуальні уявлення стають дещо різними, навіть для L = 1, після цього спрощення.

Що нового в версії 0.16.6:

• Синхронізовані дерева вихідних кодів gamgi / dat та gamgi_exp / dat.
• Синхронізовані дерева вихідних кодів gamgi / src та gamgi_exp / src.
• Додано скріншоти з новими представленнями для орбіталей.
• Трохи збільшена тота, phi точність при визначенні радіусу вибірки за замовчуванням в орбіті: перевірено на (6,5, -5) орбіталі (6hy5).
• Налагоджений код для виконання інтерполяції сигналів в твердих орбіталях. Зараз чудово працює! Це було дійсно останньою перешкодою для представлення орбіти світового класу в GAMGI! Час для скріншотів! У майбутньому ми спробуємо зменшити кількість вершин, нормалей і трикутників, і ми можемо застосувати затінення Gorauld, але жоден з них не змінить наукові та візуальні можливості нашої нинішньої моделі. Скляйте Порт!
• Впроваджено спосіб здійснення інтерполяції сигналів в твердих орбіталях, щоб вирішити проблему невідкладної точності зміни сигналу, знайденої раніше.
• Очищений код в gamgi_chem_orbital.c та gamgi_chem_orbital.h.
• Виправлена ​​помилка: орбітальна щільність ймовірності не була правильно експортована до файлів XML.
• Орбітальні осі тепер простіше для використання та більше варіантів.
• Код сигналу працює зараз: 3D-орбіталі виглядають дуже фантастично, але код сигналу має бути уточнений, оскільки відсутність інтерполяції призводить до надмірного візуального шуму при зміні сигналу.
• Виправлено код для заміни позитивних та невластивих трикутників.
• Виправлено код інтерполяції сигналу в static_edge.
• Вирішено інтерполяційну проблему, пов'язану з впливом цибулі на орбітальні ізоповерхні: фракція сили до діапазону [0,1].
• Фіксована орбітальна тверда кодова орієнтація краю: це потрібно для точної інтерполяції.
• Виправлено числові недооцінки: просто помилка, що розщеплює кубики (як у 3D-шаховій дошці). Виглядає чудово зараз!
• Налагоджений твердий орбітальний 3D-код, мабуть, добре працює, все ще з деякими числовими невміннями на поверхні.

Що нового в версії 0.16.5:

• Тепер об'єкти орбіти можуть бути експортовані, імпортовані в GAMGI власний XML-файл. Замінений рекурсивний static_outside процедура циклом та версії стек, таким чином видалення критичного вузького місця в твердому орбітальному коді. Виправлено витоки вмісту в коді GTK, помилки синтаксису при виборі об'єкта за кольором, попередження через непотрібні змінні тощо.

Що нового у версії 0.16.4:

• Синхронізовані гілки gamgi та gamgi_exp
• Оновлено make_local для включення шляхів: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, used за допомогою Ubuntu.
• Виправлена ​​помилка в новому твердому орбітальному коді: тест довжини r має сенс у провідному представленні, але не в твердому!
• Новий рекурсивний код працює для бітових масивів у 160x160x160, у гіршому випадку.
• Рекурсивний код для пошуку зовнішніх поверхонь збігається для бітових масивів розміром більше 50x50x50. Шукаєте альтернативу циклу.
• Орбітальний код: інтерполяція хвильової функції для створення представлення на основі трикутника працює дуже добре.
• Трехкутний 2D тверде рендеринг планарних поверхонь в орбіталях на базі H тепер добре перевірено та працює добре! Це має вирішальне значення для побудови представлення цих орбіталей на основі октантів, де користувачі можуть вибирати, які саме октанти відображатимуться.
• Додано нові дзеркала, http://atom.ist.utl.pt і ftp://atom.ist.utl.pt, щоб в майбутньому приймати gamgi.org.
• Додано хороші структури та інформаційні файли для високотемпературних бета-кварцових, бета-крістобальних та бета-тридідімітів.
• Впровадило нове дзеркало: http://gamgi.ist.utl.pt/ або http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Спрощений спосіб вибору H-орбітальних октантів у режимі провідного зв'язку.
• Для кожного H-орбітального октанта написав топологічний код, щоб створити всі трикутники, необхідні для опису зовнішньої тривимірної поверхні (алгоритм tetra-cubes), а також внутрішні 2D-октанні межі.
• Для кожного H-орбітального октанта написано та перевірено код бітового масиву, необхідний для усунення внутрішніх ізофруктів і показує лише зовнішній.
• Спрощений кодований двійковий код в gamgi_chem_orbital.c.

Що нового у версії 0.16.3:

• Покращено читаність у всіх діалогових вікнах Object-> Копіювання.
• Додана документація для Orbital-> Створити, орбітальну & gt; Копіювати, орбітальну & gt; посилання та орбітальну & gt; видалити.
• Оновлена ​​довідка- & gt; Поточна та довідка-> Тема для виділення Orbital-> Створити, орбітальну & gt; Копіювати, орбіталити-> Посилання, орбітальну & gt; видалити.
• Синхронізовані дерева gamgi і gamgi_exp
• Orbital-> зв'язок тепер працює нормально (списки орбіталей ще не реалізовані).
• Виправлено помилку у всіх файлах link_object.html, що призвело до повідомлення про помилку GAMGI, коли підсистема довідки намагалася відкрити один з цих файлів.
• Orbital-> Копія зараз працює добре (списки орбіталей ще не реалізовані).
• Orbital-> Видалити зараз працює добре (списки орбіталей ще не реалізовані).
• Розпочато створення діалогів Orbital-> Копіювати, орбіталити-> Посилання та Орбіталити-> Видалити.
• Макет Octants у діалоговому вікні Orbital-> Create є набагато більш інтуїтивним.

Що нового в версії 0.16.2:

• Синхронізовані версії gamgi / (з GtkGLExt) та gamgi_exp / (з GLX).
• Фільтрування октантів об'єму тепер нормально працює для H-орбіталей.
• Завершено пошук найкращих значень за умовчанням для орбіталей на основі О. Щільність за умовчанням - 1Е-6, яка необхідна для відображення всіх регіонів у 6-ти орбіталях. Точки становить 50000 x n, що є розумним компромісом. Радіус за замовчуванням розраховується на сканування з останнього максимуму в радіальній щільності f2r2 плюс 2,0 мінімальної довжини, доки максимальна щільність (пошук за theta, phi) не стане нижчою за щільність за замовчуванням.
• Покращено, перероблено діалогове вікно Orbital-> Створити.
• Орбітали H тепер добре працюють в Gamgi. Шукайте зараз найкращі значення за замовчуванням.
• Додано весь код, необхідний для створення та відтворення H орбіталей.
• Оптимізований H орбітальний код для швидкості.
• Для всіх водневих орбіталей з n = 1 до 6 розраховуються відстані для радіальних максимумів поліномінії.
• Для всіх водневих орбіталей з n = 1 до 6 розраховуються відстані для нулів для радіальної поліномії.
• Орбітальні об'єкти тепер можуть бути створені, масштабовані (навколо поточного центру), переміщено, повернуто, як і будь-який інший об'єкт Gamgi.
• Завершено діалогове вікно Orbital-> Створити для створення водневих орбіталей.
• Написав код графічного двигуна для відтворення орбіталей на основі водню в пунктирному режимі.
• Додано та перевірено s, p, d, f, g, h Орбітали на основі водню для n = 6 у координатах x, y, z, дельтійських координат

Вимоги :

• GTK +