Ghemical

Ghemical є обчислювальна хімія пакет програмного забезпечення, яке розповсюджується за ліцензією GNU GPL. Це означає, що повний вихідний код пакету доступні, і користувачі можуть вільно вивчати і модифікувати пакет. Ghemical написано в C ++.
Ghemical проект має графічний користувальницький інтерфейс (який заснований на GNOME), і підтримує обидва квантової механіки (напів-емпіричні і неемпіричні) і моделі молекулярної механіки (є експериментальна Тріпос 5.2, як силове поле для органічного molecu Також інструмент для зниження моделей білкових [1] входить у вартість. Оптимізація геометрії, молекулярна динаміка і великий набір засобів візуалізації доступні в даний момент.
Ghemical покладається на зовнішній код, щоб забезпечити квантові обчислення. Полу-емпіричні методи MNDO, MINDO / 3, AM1 і PM3 приходять з MOPAC7 пакета (Public Domain), і включені в початковий дистрибутив.
Пакет MPQC (GNU GPL) використовується для забезпечення первопрінціпних методів: методи, засновані на теорії Хартрі-Фока в даний час підтримується базисних наборів від STO-3G 6-31G ** с.
Код MPQC не включені в дистрибутив вихідного коду. Для того, щоб використовувати MPQC основі в первопрінціпних методів в Ghemical, ви повинні спочатку зібрати і встановити програму MPQC для вашої системи, а потім скомпілювати Ghemical використовувати деякі специфічні настройки, які пов'язують разом програм; подивитися файл установки для отримання додаткової інформації. Ghemical також містить пакет OpenBabel для імпорту та експорту різних форматів файлів (а також інші завдання).
Установка
Після того як ви завантажили останню версію, ви повинні отримати всі файли з архіву файлу за допомогою "дьоготь -zxvvf ghemical-1.00.tgz" або, що еквівалентно "Gunzip ghemical-1.00.tgz; тар -xvvf ghemical-1.00.tar". Після цього, будь ласка, прочитайте "INSTALL" -файл ви просто витягується, щоб отримати додаткову інформацію.
Що нового в цій версії: