Pathomx

Pathomx (раніше MetaPath) є відкритим вихідним кодом графічне програмне забезпечення реалізовано в IPython, Qt і PyQt, розроблений з нуля, щоб діяти в якості інтерактивного корисності для візуалізації та аналізу метаболічних даних по GNU / Linux та інших POSIX і NBSP; операційна Системи. Спочатку вона була розроблена для використання для обробки метаболомікі data.Features протягом glanceKey функції включають в себе підтримку для імпорту та експорту ЯМР (ядерно-магнітний резонанс), обробка спектрів, в тому числі нормалізації, Біннінген і вирівнювання, а також метаболічного візуалізації шляхи та гірничодобувної промисловості. Ви також зможете імпортувати геномні і метаболомікі дані через різні маршрути для візуалізації на зазначених шляхів.
Різні MetaCyc анотації бази даних також включені в додаток Pathomx, серед яких можна відзначити уніфікації бази даних посилання, синоніми, а також пов'язані шляху і реакції. Будь ласка, зверніть увагу, що база даних MetaCyc походить від громадського API.
Додаток використовує потужну базу даних MetaCyc для швидкого освоєння складних наборів даних, завдяки розширюваної і настроюються плагінів. Крім того, він використовує бібліотеки NumPy і SciPy по числу обробки, Matplotlib для побудови графіків, nmrglue для імпорту даних ЯМР, d3.js для інтерактивних графіків і scikit вчитися для статистичного аналізу methods.Under капот і підтримується OSesLooking під капотом Pathomx, ми можемо помітити, що заявка була побудована на командної оболонки IPython. Він також добре працює під управлінням операційних систем Microsoft Windows і Mac OS X, для яких він доступний для скачування у вигляді готових бінарних пакетів. Для GNU / Linux, програмне забезпечення поширюється тільки як архів, упакованих у вихідному сумісна з 32-бітними і 64-бітними апаратними платформами.
При використанні Pathomx, користувачі повинні мати на увазі, що додаток використовує дані з самого шляхів поширення даних MetaCyc, який є частиною сім'ї BioCyc. MetaCyc API використовується для генерації входить в комплект поставки бази даних, яка зберігається локально

Що нового У цьому випуску :.

• був доданий абсолютно новий перетягування візуальний редактор.
• Це дозволяє створювати аналітичні робочі процеси шляхом перетягування інструментів в робочому просторі, редагування з'єднання шляхом перетягування лінії передачі даних між інструментами, і з допомогою уявлень вбудовані, щоб отримати уявлення про поточну обробки.
• Дані можуть бути скинуті в робочій області для миттєвого імпорту.
• Він також додав, жити в-інструмент прогресу повідомлення, бари та індикатори стану.
• Помилки позначаються тексту довідки (спливаючі підказки по інструментах, коли вказано червоним кольором).

Вимоги

• Graphviz