SSuMMo

SSuMMo є бібліотека функцій, призначених навколо багаторазово використовуючи HMMER призначити послідовності для таксонів і NBSP ;. Результати дуже анотовані дерева, що показують Вид / розподіл рід протягом цього співтовариства.
Програми, включені в початковий код включає інструменти для: -
- Побудувати ієрархічну базу даних прихованих моделей Маркова - dictify.py;
- Виділити послідовності з визнаними таксономічних назв - SSUMMO.py;
- Проаналізувати біологічне різноманіття, використовуючи Сімпсон, Шеннон & інший methods- rankAbundance.py;
- Візуалізувати результати, як Кладограмма з виразним можливість легко крос-порівняти набори даних - comparative_results.py
- Перетворити результати у формат phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Збірка HTML подання - dict_to_html.py.
- Криві розрідження ділянку, і розрахувати відповідні індекси біорізноманіття
Python вихідний код, представлена ​​тут, на Google Code. Збірні ієрархічна база даних для ПММ, а також оптимізована SQL таксономії бази даних (використовується для виведення ряди кожного таксону) можна скачати з: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Для установки інформації, будь ласка, зверніться до README. Для інформації про використання, є вікі (вище), і попередній Керівництво користувача була додана до SVN стовбура

Вимоги :.

• Python