Biopython

Розроблено міжнародну команду розробників, це поширюється спільні зусилля щодо розвитку бібліотек і додатків, які задоволення потреб нинішнього і майбутніх робіт в галузі біоінформатики Python.

Що нового в Цей реліз :.

• Bio.Phylo тепер має Побудова дерева і консенсус модулі, з про роботу GSoC по Yanbo Є.
• Bio.Entrez буде автоматично завантажувати і кешувати нові файли NCBI DTD для XML розбору в домашній каталог користувача (за допомогою ~ / .biopython на Unix-подібних системах, і $ APPDATA / biopython на Windows).
• Bio.Sequencing.Applications тепер включає в себе оболонку для інструменту samtools командного рядка.
• Bio.PopGen.SimCoal тепер також підтримує fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-текст, hmmer3-Tab, і hmmer3-domtab тепер підтримує висновок через hmmer3.1b1.
• BioSQL Тепер ми можемо використовувати MySQL-роз'єм пакет (доступно тільки для Python 2, 3 і PyPy) як альтернативу MySQLdb (Python 2) використовується для підключення до бази даних MySQL.

Що нового у версії 1.63:

• тепер використовує Python 3 стилі вбудований наступної функції в Метод місце .next Python 2 ітератори в стилі "().
• Поточна версія скасувала вимогу бібліотеки 2to3.

Що нового у версії 1.62 :.

• Перший випуск Biopython який офіційно підтримує Python 3

Що нового у версії 1.60:

• Новий модуль Bio.bgzf підтримує читання і запис BGZF файли ( Заблоковані ГНУ Індекс Формат), варіант з ефективним GZIP довільного доступу, найбільш часто використовувані в рамках формату файлу, і БАМ в tabix.
• аналізатор GenBank / EMBL тепер видає попередження про невизнаних розташувань і продовжити розбір (виїзд місце для нових функцій, як не один).
• Bio.PDB.MMCIFParser тепер компілюється за замовчуванням (але досі не доступний згідно з Jython, PyPy або Python 3).

Що нового у версії 1.59:

• Нові Bio.TogoWS модуль пропонує оболонку для TogoWS REST API.
• NCBI Entrez Fetch функція Bio.Entrez.efetch був оновлений, щоб впоратися строгий керованість NCBI в декількох аргументів ID в EFetch 2.0.

Що нового у версії 1.58:

• новий інтерфейс і аналізатори для PAML (філогенетичного аналізу по максимальної правдоподібності) пакет програм, що підтримують codeml, baseml і yn00 а також Python повторно здійснення chi2 був доданий в якості модуля Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO тепер включає читати підтримку ABI файлів (& Quot; Sanger & Quot; капілярні файли трасування секвенування, що містить назвою послідовності з PHRED якостей)
.
• Bio.AlignIO і Quot; FASTA-m10 & Quot; аналізатор був оновлений, щоб впоратися з маркерних рядків, який використовується в Білла Пірсона FASTA версії 3.36.

Що нового у версії 1.57 :.

• Biopython тепер може бути встановлена ​​з піп

Що нового у версії 1.56:

• модуль Bio.SeqIO був оновлений для підтримки білка ЕЛМБ файли (використовувані для бази даних патентів), IMGT файли (варіант формату EMBL файл, за допомогою Урі Laserson), і UniProt XML файли.

Що нового у версії 1.55:

• Багато роботи було до Python 3 опори (за допомогою Сценарій 2to3), але якщо ми не зламав щось ви не повинні помітити ніяких змін.
• З точки зору нових можливостей, найбільш помітною подією є те, що класи-оболонки командного додатків інструмент лінія тепер виконуваний, що повинно зробити його набагато легше викликають зовнішні інструменти.

Вимоги

• Python 2.6 або вище