POY

POY є філіпченкове програма аналізу, який підтримує декілька типів даних (наприклад, морфологія, нуклеотидів, генів і генних регіонах хромосом, і цілих геномів). POY є зокрема в тому, що він може виконувати істинного вирівнювання і філогенія виведення тобто вхідних послідовностей не повинні бути prealigned. Вставки, делеції, перестановки і, може бути включена в загальний рахунок дерева під Максимальна скнарості, або в моделі під максимальної правдоподібності. Різноманітність евристичних алгоритмів були розроблені для цієї мети і реалізуються в POY.