NeuronVisio

NeuronVisio з'єднується з NEURON за допомогою нового інтерфейсу Python нейрона.
установки:
Щоб встановити NeuronVisio потрібно задовольняти наступним залежності
І NBSP; * PyGTK
І NBSP; * Візуальне
І NBSP; * Matplotlib
Проста установка
Найпростіший спосіб отримати neuronvisio, якщо у вас встановлений Setuptools:
easy_install neuronvisio
Без Setuptools, це все ще досить легко. Завантажити файл neuronvisio.tgz від Cheeseshop сторінці neuronvisio, в розпакуйте його і запустіть:
Python setup.py встановити
Документація
Документація доступна в папці док або в Інтернеті.
Швидкий старт
Цей код просто щоб дати уявлення у тому, як використовувати nrnvisio модуль:
1. Запустіть IPython консоль з pylab перемикача.:
І NBSP; IPython -pylab # Якщо ви не використовуєте перемикач, ви не побачите будь-яких граф.
2. Імпорт модуля:
І NBSP; від neuronvisio.controls контролю за імпортом
і NBSP; управляє = управління ()
Коли nrnvisio запускається потік запущений. У цій темі все процес nrnvisio станеться, не блокуючи консоль.
Як простий приклад наступний код:
І NBSP; 1. Створює один розділ під назвою сома
І NBSP; 2. Вставте канал Hodgkey-Хакслі і пасивний провідність
І NBSP; 3. Вставте alphaSynapse, щоб забезпечити Стимул.
Швидкий приклад може бути наступне ::
від імпортних nrnvisio.controls контролю
управляє = Управління () # Запуск GUI
від імпорту нейрон ч # Отримання HocInterpreter
сома = h.Section () # Створення розділу
soma.insert ('чч') # Установка каналу HH
soma.insert ('па') # вставка пасивного провідність
сін = h.AlphaSynapse (0,5, сек = сома) # синаптичної вхід
syn.onset = 0,5 #, коли вогонь
syn.gmax = 0,05 # провідність синапсу
syn.e = 0 # зворотний потенціал
Більш приклад в каталозі прикладів показують, як використовувати Neuronvisio з більш складної моделі

Особливості :.

• 3D візуалізація моделі з можливістю змінити його час виконання
• Створення векторів для запису будь-яких змінних, присутніх у розділі
• Інтеграція Pylab побудувати безпосередньо результат моделювання
• Дослідження в timecourse будь-якої змінної серед часу, використовуючи колірну закодований масштаб
• GUI працює у своєму власному потоці, так що можна використовувати консоль (настійно радимо IPython)

Вимоги

• Python