The Chemistry Development Kit

Скріншот програми:
The Chemistry Development Kit
Дані програми:
Версія: 1.5.13 оновлений
Дата завантаження: 26 Apr 16
Розробник: The CDK Project
Ліцензія: Безкоштовно
Популярність: 196

Rating: 3.0/5 (Total Votes: 4)

Комплект розробника хімії (також відомий як CDK) є незалежною від платформи, вільно поширюватися і програмне забезпечення з відкритим вихідним кодом бібліотеки реалізовані в Java, і розроблений спеціально для структурних біоінформатики, хемоінформатика і обчислювальної хімії.

Проект складається з різних корисних алгоритмів і структур даних, розроблених спеціально для програмістів, які хочуть заощадити багато часу і зусиль, за рахунок повторного використання коду. Kit Chemistry Development не призначений для використання кінцевими користувачами.


Основні особливості

Основні функції включають в себе підтримку для читання і запису форматів хімічних даних, підтримку для візуалізації хімічних структур, підтримка QSAR (кількісний склад і Ndash; активність відносин). Дескриптори, а також вбудовані алгоритми для підтримки хімічної теорії графів

Для вашої зручності додаток поширюється як прекомпілірованние довічних файлів у форматі JAR файлу. Для того, щоб використовувати його в вашому проекті, просто скачайте останню стабільну версію від Softoware за посиланням вище, де ви також можете знайти програму & Rsquo ;. S архів вихідних текстів

Програмісти знайти докладну інформацію про те, як скласти програму з джерел, як запускати різні тести, а також як використовувати його в інших програмах у файлі Readme.txt, який знаходиться всередині архіву tar.gz.


Під капотом і підтримуваних операційних систем

Поглянувши під капотом CDK (Хімія Development Kit) програмного забезпечення, можна відзначити, що він був повністю написаний на мові програмування Java.

В даний час він повністю сумісний з 32-бітної і 64-бітних смаками GNU / Linux, Microsoft Windows і операційних систем Mac OS X. Тим не менш, він повинен працювати на будь-якій операційній системі, яку підтримує Java Runtime Environment (JRE) & NBSP; і комплекту Java Development Kit (JDK) & NBSP; технології

Що нового в цьому випуску:

  • формальна заряд IAtomcontainer перетікає в IMolecularFormula
  • Виправлена ​​помилка 2787332 старого масиву облігацій при розрахунку Gasteiger заряду було вибрано пункт
  • Оновлення, щоб виправити помилку 2788357 SMARTSQueryTool прямо зараз ловить TokenMgrError в строї
  • Додано новий taglet для обробки cdk.githash тегів і посилань Javadocs на джерела в Git репо
  • Оновлені теги cdk.svnrev до cdk.githash теги
  • Bug_2787332. Доданий тест для молекули триклозан (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Вилучені застарілі код візуалізації: або використовувати CDK-1.0.x або jchempaint первинної
  • долучення тест для помилки 2786624 в тестовому аналізатор пакета
  • Додані посилання на сторінки PMD
  • Додана посилання на статистику JUnit
  • долучення список класів в модулі, з посиланнями на Nightly @ Пеле
  • Додана настройки для створення модуля HTML-сторінки
  • Додана настройки для створення модуля HTML-сторінки

Що нового у версії 1.5.10:

  • Формальна заряд IAtomcontainer перетікає в IMolecularFormula
  • Виправлена ​​помилка 2787332 старого масиву облігацій при розрахунку Gasteiger заряду було вибрано пункт
  • Оновлення, щоб виправити помилку 2788357 SMARTSQueryTool прямо зараз ловить TokenMgrError в строї
  • Додано новий taglet для обробки cdk.githash тегів і посилань Javadocs на джерела в Git репо
  • Оновлені теги cdk.svnrev до cdk.githash теги
  • Bug_2787332. Доданий тест для молекули триклозан (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Вилучені застарілі код візуалізації: або використовувати CDK-1.0.x або jchempaint первинної
  • долучення тест для помилки 2786624 в тестовому аналізатор пакета
  • Додані посилання на сторінки PMD
  • Додана посилання на статистику JUnit
  • долучення список класів в модулі, з посиланнями на Nightly @ Пеле
  • Додана настройки для створення модуля HTML-сторінки
  • Додана настройки для створення модуля HTML-сторінки

Що нового у версії 1.2.2:

  • Нерухомі посилання. Субоптимальне, оскільки шлях як і раніше жорстко до одного Nightly наприклад, але ми не маємо структуру XML ще підсумувати речі по всьому Nightlies (біг
  • Оновлений номер версії
  • долучення тест, щоб забезпечити IAtomContainers НЕ прокрався через IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
  • Як перезаписати addAtomContainer (IAtomContainer, подвійний) теж кинути IllegalArgumentException, коли передається не-IMolecule
  • Тепер кидає IllegalArgumentException, коли він намагався зберігати IAtomContainer, який не є IMolecule
  • долучення блок тест на # 2784182
  • Новий тест з резерпіном
  • Додані taglets для різьби безпеки
  • З одним атомом або менш, ми визначаємо, що воно пов'язане, так як немає необхідності поділу (виправляє # 2784209, NullPointerException на IAtomContainer без будь-яких атомів)
  • долучення модуль тест для помилки # 2784209, який в даний час зазнає невдачі
  • Більш видалення назв пакунків явно org.openscience.cdk: кидки положення
  • Більш видалення імен явно org.openscience.cdk пакета
  • Більш видалення явних імен org.openscience.cdk пакета: для нового org.openscience.cdk.Foo () викликає
  • Вилучені явні org.openscience.cdk.interfaces заголовки пакетів (виправляє # 2783549)
  • Вилучені явні імена пакетів, на користь імпорту, для org.openscience.cdk в модулі datadebug (виправляє # 2783549)
  • Вилучені явні імена пакетів, на користь імпорту, для org.openscience.cdk в модулі даних (виправляє # 2783549)
  • Прорив опції рекурсії на AllRingsFinder
  • Витяг з рядка елементарної формули заряд.
  • Витяг з рядка елементарної формули заряд.
  • Контролер маси, коли він виходить за допустимі

  • <Літій> Оновлений розумно додати Ейч до PLANAR3 N, виправляє помилку 2781199
  • долучення тестовий приклад для помилки 2781199
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в водозбірний блоці тепер включають кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в підступ блок тепер включає кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в підступ блок тепер включає кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в підступ блок тепер включає кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в підступ блок тепер включає кореневої виняток для збереження трасування стека
  • закликає до CDKException конструктор зробив в підступ блок тепер включає кореневої виняток для збереження трасування стека
  • долучення модульний тест для забезпечення поля SD для читання для всіх молекул
  • розпалися тест
  • нові файли
  • більше тестів для ХМЛ читання
  • тест долучення модуль для # 1848591: неправильна структура Murcko
  • Виправлена ​​лита, видалити надлишкову повне ім'я пакета
  • долучення блок тест на # 2692107
  • Виправлена ​​помилка: Відсутній 's'

Що нового у версії 1.2.1:

  • Виправлена ​​помилка 2714283, який правильно кидає виняток, коли кільця не закриті належним чином. Якщо кільце не закривається з відповідним номером кільця, InvalidSmilesException викидається. Матчі Перехід на поведінку
  • Виправлена ​​помилка 2729120 і додав тестовий модуль
  • Оновлений коментар, щоб виправити помилку 2768643.
  • Часткове виправлення помилка 2719237. Зроблено getBondOrderSum статичної, додав модульного тестування для нього
  • Помилка: proteinl - & GT; білок
  • Зроблено клас громадськості, щоб Unbreak додати його в збірці / *. Javafiles
  • Частково виправлено СМАРТС відповідність для R0. Оновлення цільової ініціалізації молекули явно вказують на атоми не в кільці, а також оновлений атом RingMembership зробити явну перевірку при вказівці R0. Частково виправляє помилку 2587204
  • Виправлена ​​сумнівне перевірка на рівність. Приватний метод перевірки Подвійні об'єкти за допомогою посилання. Працював добре, коли вони були нульовим. Зазнає невдачі, коли нам потрібно порівняти за значенням. Код оновлюється, щоб прийняти його до уваги. Доданий модульного тестування (і зробив метод захищений таким чином, що він може бути перевірений)
  • долучення тест метод анотацій. Завершує покриття для модуля даних
  • перероблений ChiIndexUtils, щоб зробити його приватного пакета. Очищає публічний API, так як він використовується тільки чи коду дескриптора. Оновлені всі залежні класи. Переїхав тестовий код (який повинен бути заповнений!), А також
  • Код зачистка ChiIndexUtils. У перерахунку на 1,5 ідіоми
  • Розчищення PathTools і додав метод випробування анотацію, так що ядро ​​повністю покрито
  • Виправлена ​​попередньої фіксації для редагування cdk.keyword лінії, а не cdk.module лінія
  • Більш послідовні ключові слова, використовувані
  • долучення тест, щоб переконатися, що об'єкти Цілі порівнюються за значенням, а не посилання
  • долучення тестовий приклад, щоб перевірити, що атом контейнер диференціали є правильними при використанні Десеріалізованний об'єктів
  • Виправлена ​​IntegerDifference так, що він насправді перевіряє значення цілого числа, а не посилання об'єкта Integer. Усунені проблеми в результаті чого об'єкт серіалізуются на диск, а потім десеріалізованное не відповідає вихідний об'єкт (тобто, не порожній Diff рядок)
  • Прикладна патч # 2675819 (Stefan Kuhn): патч, щоб додати до removeReaction reactionSet
  • Використовувати інтерфейс замість реалізації
  • Вилучений невикористаний імпорт
  • Використовуйте IAtomContainer замість IMolecule, так як фактичне відповідність використовує IAtomContainers вже (виправляє # 2686249)
  • Виправлена ​​ClassCastException (виправляє # 2685134)
  • долучення джерело Attrib виправити будівництво в Ubuntu .deb
  • Виправлена ​​Допомога складання системи: використовувати Doclet банки в develjar /; оновлення для нової папки SRC SRC / головна; видалені застарілі, використання rt.jar
  • Вилучені libdepends включають тест-ioformats, який насправді не мають libdepends
  • Оновлений так, що якщо атом мішені не має жодного символу (наприклад, атоми псевдо) матч повертає брехня (а не NPE)
  • Виправлена ​​правильна обробка #n СМАРТС querys
  • долучення тестовий приклад для помилки 2686473
  • Додана замітка на Ant 1.7.1 потрібно
  • Виправлена ​​джерело NPE: 'NULL == 2' викликає виключення, тому спочатку тест на nullness
  • Виправлено повідомлення про авторські права на 2009 рік
  • Виправлена ​​дублікатом зберігання шаблонів макетів, які тільки належать в модулі SDG, а не додатковий модуль занадто
  • Merge філія 'local1.2' з ../../ GIT-SVN / CDK

Що нового у версії 1.2.0:

  • Усунуто кілька СМАРТС синтаксичного аналізу проблеми, використання двох -Пісьмо символи і IPseudoAtom в Fingerprinter, і додає 4 нових визначень типу атом, йоду і сірки.

Що нового у версії 1.1.5 :.

  • В основному виправлення помилок

Що нового у версії 1.1.4 :.

  • В основному невеликі виправлення помилок

Що нового у версії 1.1.1:

  • В основному невеликі виправлення і загальний код очистити.

Що нового у версії 1.1.0 :.

  • Багато, багато змін

Вимоги

  • Java 2 Standard Edition Runtime Environment

Схожі програми

PyVib2
PyVib2

2 Jun 15

Mychem
Mychem

14 Apr 15

The Chemistry Development Kit

Коментар не знайдено
додати коментар
Включіть картинки!
Пошук за категоріями