PathVisio

PathVisio є відкритим вихідним кодом і повністю безкоштовний графічний додаток, реалізоване на мові програмування Java і розроблена з нуля до бути використані для відображення, аналізу та редагування біологічні шляху під операційною GNU / Linux system.Can можна використовувати для малювання шляху , зв'язати біологічне забезпечення entitiesThe дозволяє користувачам малювати шляху, посилаються біологічних об'єктів (білки або гени) до біологічних даними, використовуючи ідентифікатори баз даних, редагувати шляху, а також для аналізу шляхів. З PathVisio ви також зможете Карта експериментальні дані, такі як дані мікрочіпів, і візуалізувати його на верхній частині існуючого шляхів поширення креслення.
Крім того, ви зможете вибрати базу даних генів, виберіть метаболізму бази даних, переглядати статистику, дані вирази імпорту, виберіть вираз набору даних, пошук шляхів, вид легендою, маніпулювати об'єктами, імпортувати проекти, а також для установки і управління плагінами, в який можна додати додаткову функціональність app.Requires НЕ installationThe додаток не можуть бути використані без установки в операційній системі GNU / Linux. Все, що вам потрібно зробити, це завантажити двійковий пакунок з Softoware, зберегти архів на зручному для Вас місці, розпакувати його за допомогою утиліти менеджер архів, відкрийте витягнутий каталог і двічі клацніть на pathvisio.jar file.Under в hoodWhile приймаючи швидкий погляд під капотом програмного забезпечення PathVisio, ми і Rsquo; ве помітив, що додаток повністю написаний на мові програмування Java, і що його графічний користувальницький інтерфейс розроблений з урахуванням новітніх технологій Java Swing. Ми і Rsquo; ве успішно протестували додаток на комп'ютерах, що підтримують будь-який з 32 або 64-бітний процесор architectures.Runs на будь ОС, де Java є supportedBeing, написаних на мові програмування Java, PathVisio може бути оголошений незалежний від платформи додаток, що підтримує GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, і будь-яка інша операційна система, в якій підтримуються всі Java технології

Що нового У цьому випуску :.

• 31 січня 2014: Помилка випуск виправлення
• Умови GeneOntology тепер видалені з результатів пошуку анотації
• вузли DataNode повинні бути з анотацією ID і джерела даних, або нічого (економія вузли інформацією тільки з ID або джерела даних не допускається більше)

Що нового у версії 3.1.2:

• Основні помилку в модулі імпорту файлу виправлено: HTTP: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Що нового у версії 2.0.11:

• Автоматичне збереження
• Масштабування за допомогою колеса прокрутки
• Вибір ліній не легше: більше немає необхідності натискати на точну пікселя
• Тепер з двох методів більш-представництва аналізу; один шлях-орієнтованих і один орієнтований на дані

Що нового у версії 2.0.10:

• Новий спосіб нанесення прямокутники з округленими кутами, щоб уникнути розтягування ефект
• Різні дрібні виправлення

Що нового у версії 2.0.9:

• Новий тип роз'єм для роз'єму довільної довжини і довільного кути
• New & Quot; клітинний компонент і Quot; нерухомість для зберігання біологічний сенс купе
• New & Quot; подвійний & Quot; тип лінії (особливо корисно для подвійних membraned органел)
• клікабельні як гіперпосилання в дорозі
• см Віха: & Quot; milestone_27 & Quot; для отримання повного списку виправлень

Що нового у версії 2.0.8:

• Поліпшені форми для клітинних компонентів
• Деякі поліпшення юзабіліті, такі як копіювання / вставка в контекстному меню
• см Віха: & Quot; milestone_26 & Quot; для отримання повного списку виправлень

Що нового у версії 2.0.7:

• іконки панелі інструментів і нова бічна панель, щоб зробити його простіше вибрати типи стрілок і форм (завдяки liubing)
• Стежка бази даних включені в якості джерела даних, так що ви можете додати посилання з однієї колії на іншу
• BioPAX Конвертор була покращена і виробляє більше дійсні документи BioPAX.
• новий тип роз'єму, де окремі точки можна маніпулювати (спасибі leonth)
• Кількість джерел даних була збільшена до більш ніж 180
• см Віха: & Quot; milestone_25 & Quot; для отримання повного списку виправлень

Що нового у версії 2.0.6:

• якорів номер на формі може бути збільшена від значення за замовчуванням 12.
• легенда про візуалізації даних тепер можуть бути показані на саме зображення шляху. Раніше він був видний тільки в бічній панелі.
• см Віха: & Quot; milestone_24 & Quot; для отримання повного списку виправлень

Що нового у версії 2.0.4:

• покращилася форматування тексту форм, етикеток і DataNodes
• багато інші форми для DataNodes
• простий піксельні координати
• набір колір фону на DataNodes

Що нового у версії 2.0.3:

• Найвідоміший в цій версії новий XML-схеми для формату GPML шляху (версія 2010a). Цей новий формат шлях дозволить багатьом Нові графічні можливості на майбутнє, ви можете розраховувати на деякі з тих, які з'являються в наступному випуску.
• Інші нові функції:
• Невидимі якоря дійсно невидимим, принаймні, колись пов'язані з ними (Дякуємо Марго)
• Додаткові опції -v командного рядка (спасибі Марку)
• , обрана база даних відображається неправильно в рядку стану знову
• Багато нових точок розширення для розробників плагінів
• см Віха: & Quot; milestone_21 & Quot; для отримання повного списку виправлень

Що нового у версії 2.0.1:

• Поліпшено алгоритм автоматичного роз'ємів, які вказують на якір .
• Покращена отрисовка типів стрілками, які мають короткий і Quot; розрив & Quot; в кінці.
• Оскільки служба Thawte Freemail був скасований, ми оновили наш сертифікат безпеки
• Шлях Історія перегляду була помилка, де кожен рядок була вважаються зміненими, навіть якщо це не так. Це було виправлено.

Вимоги

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment