CodonW

CodonW це програма, призначена для спрощення багатовимірний аналіз (аналіз відповідностей) користування кодонів і амінокислот. Він також розраховує стандартні показники кодонів. Вона має як меню і інтерфейси командного рядка.
Проект CodonW була написана Джоном Педен в лабораторії Пола Шарпа, МЕІ генетики Університету Ноттінгема. Джон працює в галузі генетики людини і в даний час працює в якості менеджера бази даних ProCardis на WTCHG в Оксфордському університеті.
Ось деякі ключові особливості "CodonW":
· Написана в ANSI C сумісної
· Приводом меню
· Велика кількість опцій командного рядка
· Генетичний код незалежним
НЕ · Немає обмеження на
1. кількість послідовностей
Довжина 2. Послідовність
· Розрахунок індексів кодонів
1. CAI: кодон індекс адаптації
2. Fop: Частота оптимальних кодонів
3. NC: Ефективне число кодонів
4. CBI: Індекс Кодон зміщення
· Розрахунок індексів амінокислотні
Оцінка 1. підливою
2. Ароматичность
· Розрахунок відповідності аналіз
1. кодону
2. РДСУ (Відносна синонімічних кодонів)
3. Амінокислота використання
· Аналіз Переписка
1. може включати / виключати кодони / амінокислоти
2. може генерувати докладні звіти про тенденції
3. Спроби визначити оптимальні кодони автоматично
4. може дозволити додаткові набори даних, які будуть додані
5. записує будь-яку кількість напрямків
· Розрахунок параметрів генів
1. Довжина Джин
2. ЦК, GC3s і положенні кодону конкретного G + С
3. дінуклеотід склад (у всіх трьох кодонів кадрів)
4. Амінокислота використання
5. Відносна використання амінокислоти
6. кодону
7. Відносна синонімічних кодонів
· Може концептуально переводить послідовності в білку
· Реформатірует дані послідовності
· Людина або машиночитаемой вихід
· Може об'єднати гени (зберігаючи рамки зчитування) для розрахунку
1. Загальна використання кодонів
2. Зміст ГК
3. дінуклеотід склад
· Створює таблиці кодону, амінокислоти, або використання РДСУ
· Може навіть допомогти вам дізнатися генетичний код.
· І більше