Open Babel

Відкрити Бабель з відкритим вихідним кодом, спільні, безкоштовно і мультиплатформенна бібліотека програмного забезпечення, який був розроблений, щоб діяти в якості хімічного інструментів спеціально спроектований, щоб визнати численні мови хімічних даних. Це просто назву і ldquo; Open Хімія Toolkit і rdquo ;. Основні особливості glanceWith відкритого Бабеля, користувачі зможуть шукати, аналізувати, перетворювати і зберігати дані з хімії, молекулярного моделювання, біохімії, а також в інших суміжних областях. Він підтримує широкий спектр поширених форматів хімічної файлів, у тому числі Mol2, SDF / моль, PDB, XYZ, посміхається і ХМЛ.
Крім того, Open Babel забезпечує підтримку інструментарій, хімічна MIME повнофункціональний програміста, СМАРТС Шукач, гнучкий атом / Typer облігацій, видалення водню і додавання, bitvector клас, матричні і векторні перетворення, а також молекулярної тест suite.Under капот і Операційні systemsOpen Бабель повністю написана в мові програмування С ++. Це і Rsquo; са True Software крос-платформний, який підтримує GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows і операційних систем Mac OS X. Обидва 32-бітних і 64-розрядних комп'ютерів офіційно підтримується на момент написання this.Getting розпочався з відкритого BabelFirst все, ми настійно рекомендуємо вам встановити Open Babel за допомогою попередньо зібраних бінарних пакетів з програмного забезпечення за замовчуванням Сховища ваш розподіл Linux. Якщо ваша система GNU / Linux Байдуже & Rsquo; т мати програмне забезпечення Open Babel у своїх РЕПО, то ви і Rsquo; доведеться скомпілювати і установка програми з використанням універсальних архівних джерел, доступних на Softoware.
Завантажити архів (tar.gz архів), розпакувати його на місці за вашим вибором, відкрийте емулятор терміналу, перейдіть до витягнутого папки і виконати & ldquo ;. Cmake & rdquo; Команда (без лапок), щоб налаштувати проект. Потім необхідно запустити і ldquo; зробити і rdquo; Команда, без лапок, звичайно, скомпілювати його. Будь ласка, переконайтеся, що інструмент CMake у встановлений в операційній системі до початку вищевказаної інструкції

Що нового У цьому випуску :.

• Цей реліз являє собою великий баг-фікса-реліз і повинні бути стабільними оновлення, настійно рекомендується для всіх користувачів відкритого Бабеля. Багато помилок і удосконалення, які були додані в минулому році з моменту випуску 2.3.0.

Що нового у версії 2.2.2:

• Цей реліз представляє собою великий реліз помилка скрутного становища і є стабільним оновлення, настійно рекомендується для всіх користувачів відкритого Бабеля. Хоча там не може бути багато нових можливостей, багато аварій та інші помилки були виправлені, так як 2.2.1.
• Оновлення до нової InChI 1,02 релізі виробляти стандартизовану Inchi і InChIKey вихід.
• Виправлено безліч помилок стереохімії при читанні / запису посмішки. Це є частиною більш великого проекту, який буде закінчений у версії 2.3.
• Виправлена ​​компіляція та встановлення на Cygwin і MinGW платформ.
• Значно поліпшена ароматичности і Кекуле призначення зв'язок.
• Покращена 2D - і GT; 3D координацію виробництва
• Поліпшення координації покоління з використанням --gen3d операцію командного рядка
• Покращена продуктивність координацію виробництва.
• New --fillUC операція командного рядка для Бабеля.
• Виправлення рН-залежною водню додатково.
• Додана підтримка для читання вібраційні дані з Molden, Molpro і NWChem вихідних файлів.
• Оновлене атомних радіусів від недавніх теоретичних розрахунків.
• Виправлена ​​помилка при читанні GZIP-стислих Mol2 або XML файли.
• закривати файли після помилки. Виправлена ​​помилка з Pybel, де файли будуть залишатися відкритими.
• Багато виправлень більш помилок і невеликих поліпшень функцію. == Нові формати файлів == Імпорт та експорт:
• Molpro вхід і вихід.
• VASP файлів координат (CONTCAR і POSCAR).

Що нового у версії 2.2.1:

• Поліпшення інтерфейси сценаріїв, в тому числі Python 3 підтримки та поліпшення Java і C # підтримку.
• Додана підтримка MACCS відбитків пальців. Завдяки проекту RDKit.
• Багато виправлень і поліпшень в коді силового поля. Зокрема, реалізація ФФУ силове поле повинен обробляти набагато більше молекул.
• Покращена 3D координацію виробництва, зокрема, з фрагментами кільця. Ви можете дати цьому спробу з obgen корисності.
• Виправлена ​​різноманітність PDB помилок імпортним типів атомів.
• Додана підтримка для читання звинувачення і радіусів від форматів PQR файлів.
• Додана підтримка для читання і написання модульних осередків в PDB форматів.
• New & Quot; вихід & Quot; Формат файлу для прийняття загального та Quot; .out і Quot;, & Quot; .log і Quot;, і & Quot; .dat і Quot; файли і читати з відповідним типом файлу на основі вмісту. В даний час працює дуже добре для квантових пакетів хімії.
• Додана покращена обробка помилок і звітність, коли не вдається завантажити формати файлів.
• Покращена підтримка формату файлу CIF.
• Багато, багато, багато додаткових виправлень і невеликих поліпшень.