goby

бичок це API Python для читання довічних файлів даних, створених з використанням рамок управління даними Бичок наступного покоління.
Як правило, цей каталог поставляється як частина повного пакету Гобі, Доступна з:
І NBSP; Http: //goby.campagnelab.org/
Повний пакет включає в себе вихідний код Java. Якщо ви завантажили цей пакет з PyPI або який-небудь інший Python-конкретного джерела, ви, можливо, отримали тільки частина Python коду.
Розробка Попередження
Бібліотеки Бичок Python не так розвинені, як реалізація Java. Це може бути більш погано і не призначений, щоб забезпечити повний набір функцій, які знаходяться у версії Java.
установки:
І NBSP; 1. Переконайтеся, що у вас є Python 2.5 або більш пізньої версії. Якщо ви сумніваєтеся, запустіть:
Python -V
І NBSP; 2. Завантажити та встановити умову пітона пакетів:
І NBSP; 1. Буфери протоколу
І NBSP; Доступна з http://code.google.com/p/protobuf/ або PyPI
І NBSP;
2. pyjavaproperties - заміна Python для java.util.Properties
І NBSP; Доступна з http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
І NBSP; 3. Встановіть пакет бичок:
Python setup.py встановити
І NBSP; Цей крок може зажадати суперкористувача.
Застосування:
Приклад сценаріїв надаються щоб продемонструвати, як отримати доступ до вмісту Бичок файли в Python.
І NBSP; * Ось як сканувати файл вирівнювання Бичок:
І NBSP; GobyAlignmentStats.py базове
(Файли basename.entries і basename.header повинні вийти.)
І NBSP; * наступна команда виведе зміст файлу вирівнювання у вигляді тексту:
GobyAlignmentToText.py базове
І NBSP; * Наступна команда перетворює Compact читає файл у формат FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact зчитує
І NBSP; * наступна команда виведе статистику про зміст договору про зчитує файл:
GobyReadsStats.py file.compact зчитує

Вимоги

• Python