CaPSID

капсида є всеосяжним платформи з відкритим кодом, який об'єднує в собі високу продуктивність обчислень трубопроводу для ідентифікації послідовності патогена і NBSP; і характеристика людських геномів і transcriptomes разом з масштабованої базі даних результатів і для користувачів веб-додатки на основі програмного забезпечення для управління, запитуючи і візуалізації результатів.
Початок роботи
Ви будете потребувати в базу даних MongoDB, пітон 2.6+ установку і Apache Tomcat 6 +. Для отримання більш детальної інформації ознайомтесь з вікі:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What новий У цьому випуску:

• Виправлення Повідомлення про помилку при запуску віднімання і вирівнювання не найден
• Детальніше робота з фіксації тривалих запитів

Що нового у версії 1.4.2:

• Видаляє MongoKit залежність

Що нового у версії 1.4.1:

• Тайм-аут курсор Виправлення для довгих Running Статистика запитів

Що нового у версії 1.4.0:

• Статистика Додає час їх виконання, а не всі Наприкінці
• Зберігає унікальний ідентифікатор для генів, як UID

Що нового у версії 1.2.7:

• Виправлена ​​README

Що нового у версії 1.2.6:

• Віднімання відфільтровує невідображення при побудові відображається читає

Що нового у версії 1.2:

• Утиліта для створення FastQ файли з невідображення читає
• , щоб повернутися перетин FastQ файлів
• , щоб повернутися фільтр FastQ файли
• Додана mapq поріг прапор віднімання
• Gbloader тепер можуть завантажити бактерії та грибкові геноми
• Зберігає геномних послідовностей в базі даних, використовуючи GridFS
• Зниження обсягу пам'яті при розрахунку статистичних даних
• Використання подпроцессов замість os.system
• забиває mapq фільтр повинен включати 0

Що нового у версії 1.1:

• Додана підтримка для пари кінець читає

Що нового у версії 1.0.1:

• Додана підтримка для аутентифікації MongoDB

Вимоги

• Python