mpiBLAST це на основі MPI паралельна реалізація NCBI BLAST. Проект складається з пари програм, які замінюють formatdb і blastall з версіями, які виконують роботу BLAST паралельно на кластері комп'ютерів з MPI встановлені. Є дві основні переваги використання mpiBLAST в порівнянні з традиційним BLAST.
По-перше, mpiBLAST розбиває базу даних через кожен вузол в кластері. Тому що сегмент кожного вузла бази даних менше, то, як правило, проживають в буферній кеш-пам'яті, що дає значне прискорення у зв'язку з ліквідацією диск I / O. По-друге, він дозволяє користувачам BLAST скористатися ефективних, недорогих Beowulf кластерів, тому що вимоги міжпроцесорний зв'язку є низькими.
mpiBLAST досягає супер-лінійної прискорення в ситуаціях, коли база даних занадто великий, щоб поміститися в пам'яті, і практично лінійну прискорення в інших ситуаціях. Це не вимагає виділеного кластеру.
Вимоги:
Коментар не знайдено