Штаден Пакет повністю розроблений набір збірки послідовності ДНК (Gap4), редагування та інструментів аналізу (спін) для Unix, Linux, MacOSX і MS Windows.
На передній Gap4 було кілька дрібних приєднання пов'язаної
поліпшення в тому, як десятки об'єднань у Знайти Внутрішній З'єднання і
Функціональність кнопки Вирівняти в Вступити Editor.
Також наслідок, до gap4 є різні зміни io_lib (
бібліотека для всіх I / O в різних форматах і сліду). З того
нової програми hash_exp тепер дозволяє експеримент файли, які будуть
об'єднуються разом і індексується. Список імен файлів експеримент
повинні стиль подаватися gap4, але за умови, навколишнього середовища EXP_PATH
змінна була встановлена правильно gap4 зможуть принести індивідуальний
послідовності з об'єднаного файлу експерименту
Архів. Покращення в інтерфейсі для цього ще потрібно, щоб бути
зробив.
454 SFF архівів в даний час краще підтримується. У defsult 454 індекси
Тепер працювати, хоча програма hash_sff може бути використаний, щоб забезпечити
Альтернативною стратегією індексування (можливо швидше в деяких випадках).
Gap4 і Trev також є ще один слід стиль відображення для слідів, що
є 1 зразок сканування (x4 каналів) за базову виклику. У цьому випадку він може
також звернути 4 довірчі значення замість 1 за базу. Ці здібності
дозволить краще інтеграція Solexa сліди, коли легше
є.
Плюс, звичайно, звичайне з'єднання виправлень і дрібних змін. Див
повний журнал змін деталей (через сайт SourceForge).
Інші помітні зміни
Gap4
Коментар не знайдено